当前解析结果
SmilChr02G004987| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004987 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004987 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G004987 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 71747630 - 71751236 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009047 |
|---|---|
| GeneID | 131009047 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009047 |
| 原始查询 | SmilChr02G004987 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831680]; symbol=AT5G02280; hit=AT5G02280; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831680]; symbol=AT5G02280; hit=AT5G02280; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G02280 (AT5G02280)SNARE-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831680] identity=88.7; qcov=1; evalue=1.37e-93; confidence=high |
| Rice | Os07g0454700- identity=83.7; qcov=1; evalue=2.27e-88; confidence=high |
| GO | GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0030008 (TRAPP complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04099 (Sybindin); PF04628 (Sedlin_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009047 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057792237.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057792237.1 |
| 3 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.80000 | XP_057792237.1 |
| 4 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.60000 | XP_057792237.1 |
| 5 | Vesicle | 囊泡 | 0.60000 | XP_057792237.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:71748179 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:71748471 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B13,B78,C60,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792237.1PF04099
Sybindin 4-133 aa
PF04628
Sedlin_N 16-133 aa
XP_057792238.1PF04099
Sybindin 4-133 aa
PF04628
Sedlin_N 16-133 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792237.1 |
Pfam | PF04099 |
Sybindin | Family | 4 | 133 | 5.2e-52 | 176.4 | Sybindin-like family |
XP_057792237.1 |
Pfam | PF04628 |
Sedlin_N | Family | 16 | 133 | 6.2e-09 | 36.8 | Sedlin |
XP_057792238.1 |
Pfam | PF04099 |
Sybindin | Family | 4 | 133 | 5.2e-52 | 176.4 | Sybindin-like family |
XP_057792238.1 |
Pfam | PF04628 |
Sedlin_N | Family | 16 | 133 | 6.2e-09 | 36.8 | Sedlin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。