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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004998

染色体: Chr02 坐标: 71805691-71809570 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004998
名称SmilChr02G004998
描述uncharacterized SmilChr02G004998
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71805691 - 71809570 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009051
GeneID131009051
locus_tag-
NCBI NameLOC131009051
原始查询SmilChr02G004998

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsWD40-2; symbol=OsWD40-2; hit=Os01g0141700; species=rice; confidence=low
产物OsWD40-2; symbol=OsWD40-2; hit=Os01g0141700; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G58760 (DDB2)
damaged DNA binding 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835990]
identity=63.6; qcov=0.359; evalue=1.62e-10; confidence=low
RiceOs01g0141700 (OsWD40-2)
-
identity=56.4; qcov=0.424; evalue=7.27e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009051

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057792242.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057792242.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057792243.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792242.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792242.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71806900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C62
Chr2:71807454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B16,B8,C22
Chr2:71807492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,C32,C68
Chr2:71808122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,C23,C24
Chr2:71808131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,C23,C24
Chr2:71809262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B38,B63,B85,C20
Chr2:71809270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,C19,C31,C46,C74
Chr2:71809274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:71809276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B38,B63,B85,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096369.1
AATTCTTAAAACACAGAATGAAGTTCTCTTCCCCAAATTCAATTCCCCTAAACCCCCCGTCTCCACACTACTCTCCCCTCCTCCGTCTGAAATCAGCGCCGCCCCTCCCTCTCCCACCGTGAATCCCTCCCTTCGTTTGTCTATTGCAGCTCCACACCATCCTCTCCCCTCTCCCGCGGCGATTACTCTGGCCCCAAATCGGCACCGTTGCCCTTCCTTCCTGTCTCCGCGTAGCAATTTCTCCCTCTCTTCCACCGCGA...
XR_009096372.1
AATTCTTAAAACACAGAATGAAGTTCTCTTCCCCAAATTCAATTCCCCTAAACCCCCCGTCTCCACACTACTCTCCCCTCCTCCGTCTGAAATCAGCGCCGCCCCTCCCTCTCCCACCGTGAATCCCTCCCTTCGTTTGTCTATTGCAGCTCCACACCATCCTCTCCCCTCTCCCGCGGCGATTACTCTGGCCCCAAATCGGCACCGTTGCCCTTCCTTCCTGTCTCCGCGTAGCAATTTCTCCCTCTCTTCCACCGCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131009051
ATGCGTCTTGAGCTATTGCAACCGTATCTCAATCTGAGTTCAAGGAATTCTAGCTGGAGACAAAGAGATTGCTCCAAATTTCGCAGCAGGGTAATAATATATGTATTTATATATGGGCCTAGCAGTTGGAGGATGCTCTATGGTCTGGATATGAACTCTGACAAAGGAATTTTGCTTGCTGCAGATAATTTTGGGCTTCTCTATATGATGTCGACGCCGAGAAGCAGCAGAGCCCTTACCTCTCAAGCCTCAGCGAGTAT...
LOC131009051
ATGCGTCTTGAGCTATTGCAACCGTATCTCAATCTGAGTTCAAGGAATTCTAGCTGGAGACAAAGAGATTGCTCCAAATTTCGCAGCAGGGGGCCTAGCAGTTGGAGGATGCTCTATGGTCTGGATATGAACTCTGACAAAGGAATTTTGCTTGCTGCAGATAATTTTGGGCTTCTCTATATGATGTCGACGCCGAGAAGCAGCAGAGCCCTTACCTCTCAAGCCTCAGCGAGTATTCGACGGGTAGTGAGTGACGGGTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057792242.1
MRLELLQPYLNLSSRNSSWRQRDCSKFRSRVIIYVFIYGPSSWRMLYGLDMNSDKGILLAADNFGLLYMMSTPRSSRALTSQASASIRRVVSDGYPTGSG
XP_057792243.1
MRLELLQPYLNLSSRNSSWRQRDCSKFRSRGPSSWRMLYGLDMNSDKGILLAADNFGLLYMMSTPRSSRALTSQASASIRRVVSDGYPTGSG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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