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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004999

染色体: Chr02 坐标: 71810471-71812959 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004999
名称SmilChr02G004999
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62890-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71810471 - 71812959 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008917
GeneID131008917
locus_tag-
NCBI NameLOC131008917
原始查询SmilChr02G004999

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62890-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62890-like
ArabidopsisAT1G08070 (OTP82)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837325]
identity=40; qcov=0.964; evalue=0; confidence=medium
RiceOs03g0314400
-
identity=50.1; qcov=0.813; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008917

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792017.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057792017.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792017.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792017.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792017.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71810544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A9
Chr2:71810642 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C5
Chr2:71810642 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 C5
Chr2:71810750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B12,C28
Chr2:71810751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B111,B133,C22,C79
Chr2:71810836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B7,B70,B75,B93,C38
Chr2:71810873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B63,C37,C47,C72,C85
Chr2:71811006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr2:71811098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C17
Chr2:71811137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B130
Chr2:71811332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr2:71811337 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B73,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792017.1
797 aa
N
1
398
797
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF13041 PPR_2 91-139 aa PF01535 PPR 95-124 aa PF01535 PPR 167-189 aa PF01535 PPR 196-226 aa PF01535 PPR 230-256 aa PF13041 PPR_2 255-303 aa PF01535 PPR 258-288 aa PF01535 PPR 331-351 aa PF12854 PPR_1 353-384 aa PF01535 PPR 359-388 aa PF13041 PPR_2 387-437 aa PF01535 PPR 390-420 aa PF13812 PPR_3 453-492 aa PF01535 PPR 464-491 aa PF13041 PPR_2 490-536 aa PF01535 PPR 493-521 aa PF13812 PPR_3 493-536 aa PF01535 PPR 527-555 aa PF01535 PPR 565-588 aa PF20431 E_motif 607-669 aa PF20430 Eplus_motif 674-701 aa PF14432 DYW_deaminase 705-797 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792017.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 91 139 8.1e-79 260.3 PPR repeat family
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 95 124 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 189 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 196 226 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 230 256 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 255 303 8.1e-79 260.3 PPR repeat family
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 258 288 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 331 351 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 353 384 2.5e-42 143.0 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 359 388 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 387 437 8.1e-79 260.3 PPR repeat family
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 390 420 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 453 492 9.4e-26 90.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 464 491 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 490 536 8.1e-79 260.3 PPR repeat family
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 493 521 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 493 536 9.4e-26 90.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 527 555 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 565 588 7.7e-83 267.9 PPR repeat
XP_057792017.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 607 669 1.1e-16 61.5 E motif
XP_057792017.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 674 701 6.5e-08 32.9 E+ motif
XP_057792017.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 705 797 3.1e-38 130.2 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936034.1
TTAACCCAAATTCATATGATGATTCAAACCTGATATCTCTCTCGTCTGTATATTTCATTGACCTGATATGAGCTCTGCAAAGCTAAGCGCATTTTCAGCAATCAGATCATCCCTTAACCAGAAATCCGCTTCAAGAAGTACAATTACTTGCTCGGAATTGGAGACTCTTTTAACCCAATGCCGAAATCCGAGGCTCTTTTATCAAATTTTATGTCAAACCATCTGCTCTGGTCTTATCAGAGACACTTATGCTGCTAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008917
ATGAGCTCTGCAAAGCTAAGCGCATTTTCAGCAATCAGATCATCCCTTAACCAGAAATCCGCTTCAAGAAGTACAATTACTTGCTCGGAATTGGAGACTCTTTTAACCCAATGCCGAAATCCGAGGCTCTTTTATCAAATTTTATGTCAAACCATCTGCTCTGGTCTTATCAGAGACACTTATGCTGCTAGCAGAGTTCTCAAGTTTTCCACCGATTCACCCTTTGTTCAAATTGATTATTCTCACAAAATCTTCACAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792017.1
MSSAKLSAFSAIRSSLNQKSASRSTITCSELETLLTQCRNPRLFYQILCQTICSGLIRDTYAASRVLKFSTDSPFVQIDYSHKIFTNIDNPNGFIWNTMLKAFVQRNRAEDAIFLYKSMLKNGFMSIDNYTYPILIQCCSLRFSELEGKEVHDHVVKMGFCGDVYVVNNLITMYSVCGRIGDARKVFDESPALDSVSWNSILAGYVSAGSVEDAKALYARMPKRNIIASNSMIVLLGRSGRLIEAHQLFDEMEEKDVVSW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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