Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005002`

染色体: Chr02 坐标: 71821129-71821929 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005002`
名称	SmilChr02G005002
描述	uncharacterized SmilChr02G005002
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	71821129 - 71821929 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009953`
GeneID	`131009953`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009953`
原始查询	`SmilChr02G005002`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009953

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057793333.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057793333.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793333.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793333.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793333.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:71821155`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B44,C19
`Chr2:71821190`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	40	A10,A3,A8,B103,B11,B113,B115,B13,B130,B132,B133,B139,B30,B32,B36,B43,B45,B47,B50,B51,B53,B59,B66,B83,B88,B96,C13,C14,C25,C26,C27,C28,C29,C54,C60,C79,C80,C85,C86,D7
`Chr2:71821191`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B129
`Chr2:71821191`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B129
`Chr2:71821192`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	177	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A25,A3,A4,A7,A9,B1,B10,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B112,B113,B115,B117,B118,B12,B120,B122,B123,B125,B127,B128,B130,B131,B132,B133,B134,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B21,B22,B24,B25,B29,B3,B30,B31,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B45,B46,B48,B49,B5,B50,B51,B55,B58,B60,B65,B66,B67,B7,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B80,B84,B85,B86,B87,B88,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B97,B99,C10,C12,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C25,C26,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C34,C35,C38,C39,C40,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C52,C53,C55,C56,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C76,C77,C78,C79,C81,C82,C83,C84,C86,C87,C9,D11,D3,D4,D6,D7,D9
`Chr2:71821193`	`G`	`GA`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	2	B113,B44
`Chr2:71821193`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B113,B44
`Chr2:71821199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B22,B33,B68,D4
`Chr2:71821199`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,B33,B68,D4
`Chr2:71821203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr2:71821217`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B44,C19,C45,C62,D3
`Chr2:71821382`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937350.1
ATGTCTGATATCAACAAAAGAGAATTCACCGAGCTTGCTCTTGATGGTGGTAACTATTTGACTTGGATTTGGATGTTGAAATATACCTCGCCTCATGATCCTGTTGTCCTATGGCAATCCCTGAAGGATCGCTTTGATCAACAAAAGGCCATTATTCTCCCTCAGGCACAATATGATTGGCTGAATTTACGCTTTCAGGATTTCAAGTCCGTGATTGAGTACCATTCTACCTTACATCGTATTGTGTCACAGCTGAAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009953
ATGTCTGATATCAACAAAAGAGAATTCACCGAGCTTGCTCTTGATGGTGGTAACTATTTGACTTGGATTTGGATGTTGAAATATACCTCGCCTCATGATCCTGTTGTCCTATGGCAATCCCTGAAGGATCGCTTTGATCAACAAAAGGCCATTATTCTCCCTCAGGCACAATATGATTGGCTGAATTTACGCTTTCAGGATTTCAAGTCCGTGATTGAGTACCATTCTACCTTACATCGTATTGTGTCACAGCTGAAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793333.1
MSDINKREFTELALDGGNYLTWIWMLKYTSPHDPVVLWQSLKDRFDQQKAIILPQAQYDWLNLRFQDFKSVIEYHSTLHRIVSQLKLCKQEVTEIDLIEKTLSTFHASNLVLQQQYRAKNYTRHSELISALLVAEKHNQLLMRNHNARPVGSQVVPEAHATTYRGGRGRGRGKANWSQRGGRGWSHRGGRGRGYNHVARFQSHGKGFHKTLHPQEASTSQQTPKT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器