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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005022`

染色体: Chr02 坐标: 71978069-71979895 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005022`
名称	SmilChr02G005022
描述	RNA pseudouridine synthase 1
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	71978069 - 71979895 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009007`
GeneID	`131009007`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009007`
原始查询	`SmilChr02G005022`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA pseudouridine synthase 1
产物	RNA pseudouridine synthase 1
Arabidopsis	`AT1G56345` (AT1G56345) Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842088] identity=61.2; qcov=0.858; evalue=1.61e-120; confidence=high
Rice	`Os12g0560500` - identity=59.6; qcov=0.841; evalue=2.73e-114; confidence=high
GO	GO:0001522 (pseudouridine synthesis); GO:0003723 (RNA binding); GO:0009982 (pseudouridine synthase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00849 (PseudoU_synth_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009007

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057792173.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057792173.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792173.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792173.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792173.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:71978503`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D1,D10
`Chr2:71978587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C48,D1,D10
`Chr2:71978714`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B5,D3
`Chr2:71978714`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,D3
`Chr2:71978753`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr2:71978765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B130,B89
`Chr2:71978773`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr2:71978839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,B107,B110,B130,B138
`Chr2:71979512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B134,B16
`Chr2:71979751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr2:71979781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B15,B76
`Chr2:71979799`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B130,B89,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792173.1

339 aa

170

339

PseudoU_synth_2

PF00849 PseudoU_synth_2 91-278 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792173.1`	Pfam	`PF00849`	PseudoU_synth_2	Family	91	278	5.3e-21	76.2	RNA pseudouridylate synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936190.1
AAATATTCATATTCTAAAAAGCACCATTTTACTCAATTCACTCCAATGCAATGACAAGAATGCCCTTCAGTCACTCCAATGCCCTCCTCCGAATTACCAGACCTGTCCGGTTCTCGTCAATGGCGGCGGAAGCCTTCACGAATTCTTCTCAAGTTCAACCGGAAAACGCCCCTCAAACAGTGGCCAATTACCCTATCCCACTCTCCCCTCCGCCACCGCTTCTATCCAAGAACGTTGAGCTGAACAGGGCTTTAACGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009007
ATGACAAGAATGCCCTTCAGTCACTCCAATGCCCTCCTCCGAATTACCAGACCTGTCCGGTTCTCGTCAATGGCGGCGGAAGCCTTCACGAATTCTTCTCAAGTTCAACCGGAAAACGCCCCTCAAACAGTGGCCAATTACCCTATCCCACTCTCCCCTCCGCCACCGCTTCTATCCAAGAACGTTGAGCTGAACAGGGCTTTAACGGCATCGTCCAAATCTTCCCTCTTTTCTCTCTCTAGAAATGACGTACTATTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792173.1
MTRMPFSHSNALLRITRPVRFSSMAAEAFTNSSQVQPENAPQTVANYPIPLSPPPPLLSKNVELNRALTASSKSSLFSLSRNDVLFEDEWLIAVNKPQGIYCESILSSVRSLLSPDQEEQVKLQELHLSNRLDRDTSGVTVITKSHKVAAKLVKAFTDHMVKKTYLALCVGSVPKWDKIIVKSGHGRSKHGAWRVYAVSDIGRTLPGGSSIRDMETLVEVLSINGKGCSQEPLGLEKHVENTIVVKEKSEITPTEKSEVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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