Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005026`

染色体: Chr02 坐标: 72002560-72007132 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005026`
名称	SmilChr02G005026
描述	probable protein disulfide-isomerase A6
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	72002560 - 72007132 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008981`
GeneID	`131008981`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008981`
原始查询	`SmilChr02G005026`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable protein disulfide-isomerase A6
产物	probable protein disulfide-isomerase A6
Arabidopsis	`AT2G47470` (UNE5) thioredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819360] identity=75.9; qcov=0.915; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0339900` (PDIL2) - identity=76; qcov=0.931; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003756 (protein disulfide isomerase activity); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006457 (protein folding)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00085 (Thioredoxin); PF04756 (OST3_OST6); PF07749 (ERp29); PF13098 (Thioredoxin_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008981

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057792125.1`
2	Endoplasmic reticulum lumen	内质网腔	1.00000	`XP_057792125.1`
3	Melanosome	Melanosome	0.20000	`XP_057792125.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792125.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792125.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:72003055`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,C10
`Chr2:72003159`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B55,C39,D3
`Chr2:72003586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr2:72003605`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr2:72003629`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B113
`Chr2:72004826`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B20,C10
`Chr2:72004895`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C47
`Chr2:72005115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:72005791`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr2:72006143`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:72006203`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr2:72006223`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792125.1

363 aa

182

363

Thioredoxin

OST3_OST6

Thioredoxin

Thioredoxin_2

ERp29

PF00085 Thioredoxin 27-129 aa PF04756 OST3_OST6 54-140 aa PF04756 OST3_OST6 144-252 aa PF00085 Thioredoxin 145-248 aa PF13098 Thioredoxin_2 153-244 aa PF07749 ERp29 266-359 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792125.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	27	129	9.1e-69	228.7	Thioredoxin
`XP_057792125.1`	Pfam	`PF04756`	OST3_OST6	Family	54	140	1.2e-17	65.0	OST3 / OST6 family, transporter family
`XP_057792125.1`	Pfam	`PF04756`	OST3_OST6	Family	144	252	1.2e-17	65.0	OST3 / OST6 family, transporter family
`XP_057792125.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	145	248	9.1e-69	228.7	Thioredoxin
`XP_057792125.1`	Pfam	`PF13098`	Thioredoxin_2	Domain	153	244	1.5e-13	51.8	Thioredoxin-like domain
`XP_057792125.1`	Pfam	`PF07749`	ERp29	Domain	266	359	2.4e-25	89.8	Endoplasmic reticulum protein ERp29, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936142.1
AACAATTAAACATTGATGAGATTTATCAATATACACATTTATTAACTAAGTTTTATTGTTTAATGTTTGTAGGATACCTAATTTTTCTTTTTAACTATAGCATAAAAACATTTTATCCTTTATCTCATTCTACTAAACATTGCGTTTTAATATTTAAAGCTCTTGAAATATGAAGTATTTGGCGCAAAAGTTAATTTTTCAAAATGTTTAAAACTTAAATTTATAGGATTTAATTCTCAAGATTAACCCCTCAAAAATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008981
ATGTCGAGATCGCCGACGGCCTGCTTAATTTTCGGCACTTTAGCCGTCTTCTTGTTTGCTGTGGCATTCGCTGACGACGTCGTTGTGTTGACCGAGGACAACTTCGAGAAAGAGGTCGGCCAGGATCGAGGAGCTCTCGTCGAATTCTATGCCCCTTGGTGTGGGCACTGTAAAAAGCTTGCCCCGGAGTATGAAAAGCTTGGTGCCAGTTTTAAGAAGGCGAAATCGGTTTTGATTGGAAAGGTTGACTGTGACGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792125.1
MSRSPTACLIFGTLAVFLFAVAFADDVVVLTEDNFEKEVGQDRGALVEFYAPWCGHCKKLAPEYEKLGASFKKAKSVLIGKVDCDEHKSVCSKYGVSGYPTLQWFPKGSLEPKKYEGARSAEALAEFVNNEGGTNVKIATVPSSVVVLTSENFNEIALDEKKDVLVEFYAPWCGHCKTLAPTYEKVATAFNQEEDVVIANVDADKYKDLAEKFGVSGYPTLKFFPKSNKAGEDYDGGRDLDDFVTFINEKCGTSRDAKGQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器