当前解析结果
SmilChr02G005035| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005035 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005035 |
| 描述 | GDP-fucose transporter 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 72059711 - 72061574 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008990 |
|---|---|
| GeneID | 131008990 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008990 |
| 原始查询 | SmilChr02G005035 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDP-fucose transporter 1 |
| 产物 | GDP-fucose transporter 1 |
| Arabidopsis | AT5G19980 (GONST4)golgi nucleotide sugar transporter 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832120] identity=72.5; qcov=1.01; evalue=8.4e-176; confidence=high |
| Rice | Os09g0314333- identity=80.1; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005457 (GDP-fucose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03151 (TPT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008990 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057792136.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057792136.1 |
| 3 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057792136.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792136.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792136.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:72059991 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,B109,B44 |
Chr2:72060014 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C47 |
Chr2:72060021 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr2:72060048 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr2:72060144 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,C28,C85 |
Chr2:72060198 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B66,B73,C48,D2 |
Chr2:72060276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,B66,B73,D2 |
Chr2:72060462 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr2:72060498 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,C16 |
Chr2:72060576 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C47 |
Chr2:72060661 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr2:72060690 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792136.1PF03151
TPT 24-304 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792136.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 24 | 304 | 8.9e-12 | 45.7 | Triose-phosphate Transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。