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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005053

染色体: Chr02 坐标: 72239487-72242550 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005053
名称SmilChr02G005053
描述protein AUXIN RESPONSE 4
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72239487 - 72242550 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008950
GeneID131008950
locus_tag-
NCBI NameLOC131008950
原始查询SmilChr02G005053

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein AUXIN RESPONSE 4
产物protein AUXIN RESPONSE 4
ArabidopsisAT1G54990 (AXR4)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841941]
identity=50.3; qcov=0.928; evalue=6.55e-144; confidence=high
RiceOs11g0544100
-
identity=37; qcov=0.754; evalue=7.34e-64; confidence=medium
GOGO:0003824 (catalytic activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008950

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057792078.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057792078.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057792078.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792078.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792078.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72239760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr2:72239766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:72239797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr2:72239813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:72239890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:72240073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B53,C47
Chr2:72240131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C29,C40
Chr2:72240151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C58
Chr2:72240157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr2:72240210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,C58
Chr2:72240243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B113
Chr2:72240279 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B114,B32,C77,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936095.1
GTGTATTCATTTCAAAGTTACATTGAAATAGGAGCAAAGTAGATTTCTGCAAAAGCTTGAGAATTGAAACTTTATGTTATGCGCGTGCAAAAAGATGCAGTGATTGAATCTGGAGTCGAGCTCGCACTTTATACAAAAAATTCCCTCTTTTTCCTCTCCTTTCATTTTTACTTCCTCCGTCAGTCCATGCCTACTGCTCACCTCAGCAATGGCCATCATAAGTGAGGAGCCACAGTCACCGCCGCAACTGCGCCACCGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008950
ATGGCCATCATAAGTGAGGAGCCACAGTCACCGCCGCAACTGCGCCACCGTAAATCCAATCCAAAGCCCACGCCGGAGCCCGAGCCCGAGCCCGAGCCCAAGCCCGTCTCTCCGCCGACCAAATCCGCAGAAACCGCCGCCGTGAACCCATTTTCTTTCTGGTTCTACTTCACCCTTTCCGTCTCTCTGATCACCCTTACTTGCCTTCTCGTCTCTTCTCTCTCCCCGCAAGATCCCAAGTCTTGGTTTCTGAAACTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792078.1
MAIISEEPQSPPQLRHRKSNPKPTPEPEPEPEPKPVSPPTKSAETAAVNPFSFWFYFTLSVSLITLTCLLVSSLSPQDPKSWFLKLPPILRRHYSNGRTLKVQTALNHPQVEVFSIQQGPLNADSRVLIVHGAGSSSFSFQHVVKSLGTRNVRAVAIDLPGSGFSDKSVVVMEESVGGSDPFSKMWDVYEDIREKGIFWGFDQLVEQGYVNLEEKEVRVSKRERVKPIELGSEEMGRVLGQVVDSMELAPVDLVLHDSAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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