当前解析结果
SmilChr02G005056| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005056 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005056 |
| 描述 | PWWP domain-containing protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 72268868 - 72276167 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008910 |
|---|---|
| GeneID | 131008910 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008910 |
| 原始查询 | SmilChr02G005056 |
| 来源 | GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | PWWP domain-containing protein 1-like |
| 产物 | PWWP domain-containing protein 1-like |
| Arabidopsis | AT3G05430 (AT3G05430)Tudor/PWWP/MBT superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819708] identity=34.1; qcov=0.929; evalue=4.91e-136; confidence=low |
| Rice | Os05g0149200- identity=43; qcov=0.203; evalue=2.31e-42; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | smil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04148 (Efferocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00855 (PWWP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008910 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057792006.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792006.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792006.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792006.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057792006.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:72269178 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B35,B73,C18,C20,C72 |
Chr2:72269223 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B16,B35,C45 |
Chr2:72269343 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr2:72269468 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B16,B35,C45 |
Chr2:72269847 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B70 |
Chr2:72270115 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:72274145 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B73,C18,C20,C72 |
Chr2:72274492 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr2:72274508 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B114,B32,C77,D1 |
Chr2:72274683 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr2:72274714 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr2:72274757 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792006.1PF00855
PWWP 154-237 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792006.1 |
Pfam | PF00855 |
PWWP | Domain | 154 | 237 | 3e-20 | 73.2 | PWWP domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。