当前解析结果
SmilChr02G005072| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005072 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005072 |
| 描述 | folate-binding protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 72378471 - 72381964 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009070 |
|---|---|
| GeneID | 131009070 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009070 |
| 原始查询 | SmilChr02G005072 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | folate-binding protein 1 |
| 产物 | folate-binding protein 1 |
| Arabidopsis | AT5G27830 (AT5G27830)folate receptor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832845] identity=52.4; qcov=0.838; evalue=3.39e-78; confidence=high |
| Rice | Os02g0592500- identity=60.1; qcov=0.882; evalue=1.48e-110; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03024 (Folate_rec) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009070 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.80000 | XP_057792253.1 |
| 2 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.40000 | XP_057792253.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057792253.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057792253.1 |
| 5 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057792253.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:72379929 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr2:72380508 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:72380687 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B140,B19,B73,C56,D11 |
Chr2:72381220 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B34,C35 |
Chr2:72381229 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr2:72381230 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C54,C74 |
Chr2:72381289 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr2:72381292 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792253.1PF03024
Folate_rec 49-173 aa
XP_057792254.1PF03024
Folate_rec 49-173 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792253.1 |
Pfam | PF03024 |
Folate_rec | Domain | 49 | 173 | 4.1e-16 | 60.0 | Folate receptor family |
XP_057792254.1 |
Pfam | PF03024 |
Folate_rec | Domain | 49 | 173 | 4.1e-16 | 60.0 | Folate receptor family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。