Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005074`

染色体: Chr02 坐标: 72384844-72390199 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005074`
名称	SmilChr02G005074
描述	serine/arginine-rich splicing factor SR30
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	72384844 - 72390199 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009073`
GeneID	`131009073`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009073`
原始查询	`SmilChr02G005074`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/arginine-rich splicing factor SR30
产物	serine/arginine-rich splicing factor SR30
Arabidopsis	`AT1G09140` (SR30) SERINE-ARGININE PROTEIN 30 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837433] identity=77.3; qcov=0.655; evalue=1.75e-95; confidence=high
Rice	`Os07g0673500` - identity=73.9; qcov=0.622; evalue=1.62e-94; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00076 (RRM_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009073

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792260.1`
2	Nuclear speckle	核斑点	1.00000	`XP_057792260.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057792260.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792260.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792260.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:72387185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B95
`Chr2:72387405`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr2:72387563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B114,B94,D11
`Chr2:72387864`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B114,B94
`Chr2:72388049`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr2:72388143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,C76
`Chr2:72388375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:72389725`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B39,B48,C20,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792260.1

296 aa

148

296

RRM_1

PF00076 RRM_1 8-75 aa PF00076 RRM_1 111-174 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792260.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	8	75	1.9e-29	102.0	RNA recognition motif
`XP_057792260.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	111	174	1.9e-29	102.0	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009096392.1
AAGAGGCCGTCACTCAATACATACAACTTTCGTCTCATTCCCCTTCACTCTCGAACATTCTACGCTTTCATACTCGCTCTCTACTATCTGCCTCCGTTGCTCAAAACCCAAAGATTTCTCCGTCTCTCTCATTTATATTTGATTCGATTATACGCAATCAAAGATGGGCCGATCAAGCAGAACAATTTATGTCGGCAATCTTCCTGGTGATGTTCGCCAGAGTGAAGTTGAAGATATATTTTACAAGTATGGGCCTATTG...

XM_057936277.1
ATCAAGAAGAGGCCGTCACTCAATACATACAACTTTCGTCTCATTCCCCTTCACTCTCGAACATTCTACGCTTTCATACTCGCTCTCTACTATCTGCCTCCGTTGCTCAAAACCCAAAGATTTCTCCGTCTCTCTCATTTATATTTGATTCGATTATACGCAATCAAAGATGGGCCGATCAAGCAGAACAATTTATGTCGGCAATCTTCCTGGTGATGTTCGCCAGAGTGAAGTTGAAGATATATTTTACAAGTATGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009073
ATGGGCCGATCAAGCAGAACAATTTATGTCGGCAATCTTCCTGGTGATGTTCGCCAGAGTGAAGTTGAAGATATATTTTACAAGTATGGGCCTATTGTTGATATAGATTTGAAAATGCCTCCAAGACCTCCTGGCTATGCTTTTGTTGAGTTTGGAAGTTCTCGCGATGCTGATGATGCCATACGTGGCCGTGATGGTTACGATTTTGATGGATGTCGTTTACGGGTTGAGCTAGCTCATGGAGGGAGAGGATCATCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792260.1
MGRSSRTIYVGNLPGDVRQSEVEDIFYKYGPIVDIDLKMPPRPPGYAFVEFGSSRDADDAIRGRDGYDFDGCRLRVELAHGGRGSSSYDRHSSYTSGSSRGGVSKRSDYRVLVTGLPSSASWQDLKDHMRRAGDVCFSQVYRDRDGMRGVVDYANYDDMKYAIRKLDDSLFRNQFSRAYIRVEEYDRRRSYSRSPSKSPYSRSRSISRSPDYRDRSRSASPRMKGSHRVMSRSRSRSVASKSESGSPRSVSRSPRKSSPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器