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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005075

染色体: Chr02 坐标: 72390349-72395222 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005075
名称SmilChr02G005075
描述E3 ubiquitin-protein ligase IPI1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72390349 - 72395222 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009072
GeneID131009072
locus_tag-
NCBI NameLOC131009072
原始查询SmilChr02G005075

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase IPI1-like
产物E3 ubiquitin-protein ligase IPI1-like
ArabidopsisAT3G05545 (AT3G05545)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819720]
identity=46.6; qcov=1.05; evalue=1.49e-87; confidence=high
RiceOs01g0350900 (IPI1)
-
identity=40.8; qcov=0.923; evalue=7.08e-67; confidence=medium
GOGO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity)
KEGG-
PfamPF00097 (zf-C3HC4); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009072

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792256.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057792256.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057792256.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792256.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792256.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72390658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,C47,C54,C74
Chr2:72390866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B117,C53,C61,D2
Chr2:72390902 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B114,B95
Chr2:72390967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr2:72391241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:72391315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,C29,C40
Chr2:72391381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B95
Chr2:72391474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:72392972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,B33
Chr2:72394787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B118,D6
Chr2:72394863 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B91
Chr2:72394863 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792256.1
420 aa
N
1
210
420
zf-RING_11
zf-RING_UBOX
zf-C3HC4
zf-RING_2
C
PF17123 zf-RING_11 28-57 aa PF13445 zf-RING_UBOX 28-70 aa PF00097 zf-C3HC4 28-72 aa PF13639 zf-RING_2 28-73 aa
XP_057792257.1
419 aa
N
1
210
419
zf-RING_11
zf-RING_UBOX
zf-C3HC4
zf-RING_2
C
PF17123 zf-RING_11 28-57 aa PF13445 zf-RING_UBOX 28-70 aa PF00097 zf-C3HC4 28-72 aa PF13639 zf-RING_2 28-73 aa
XP_057792258.1
418 aa
N
1
209
418
zf-RING_11
zf-RING_UBOX
zf-C3HC4
zf-RING_2
C
PF17123 zf-RING_11 28-57 aa PF13445 zf-RING_UBOX 28-70 aa PF00097 zf-C3HC4 28-72 aa PF13639 zf-RING_2 28-73 aa
XP_057792259.1
417 aa
N
1
208
417
zf-RING_11
zf-RING_UBOX
zf-C3HC4
zf-RING_2
C
PF17123 zf-RING_11 28-57 aa PF13445 zf-RING_UBOX 28-70 aa PF00097 zf-C3HC4 28-72 aa PF13639 zf-RING_2 28-73 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792256.1 Pfam PF17123 zf-RING_11 Domain 28 57 1.3e-06 28.7 RING-like zinc finger
XP_057792256.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 28 70 5.7e-06 27.0 RING-type zinc-finger
XP_057792256.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 28 72 1.2e-06 28.9 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057792256.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 28 73 7.5e-08 33.2 Ring finger domain
XP_057792257.1 Pfam PF17123 zf-RING_11 Domain 28 57 1.3e-06 28.6 RING-like zinc finger
XP_057792257.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 28 70 5.6e-06 27.0 RING-type zinc-finger
XP_057792257.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 28 72 1.2e-06 28.9 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057792257.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 28 73 7.6e-08 33.2 Ring finger domain
XP_057792258.1 Pfam PF17123 zf-RING_11 Domain 28 57 1.3e-06 28.7 RING-like zinc finger
XP_057792258.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 28 70 5.6e-06 27.0 RING-type zinc-finger
XP_057792258.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 28 72 1.2e-06 29.0 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057792258.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 28 73 7.5e-08 33.2 Ring finger domain
XP_057792259.1 Pfam PF17123 zf-RING_11 Domain 28 57 1.3e-06 28.6 RING-like zinc finger
XP_057792259.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 28 70 5.6e-06 27.0 RING-type zinc-finger
XP_057792259.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 28 72 1.2e-06 29.0 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057792259.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 28 73 7.5e-08 33.2 Ring finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936276.1
GAAACAGACAAAAGTATGTCACTCCCAAATTTAACGGGATAAATATTACGACAATATTGAAACAAAGAAGAAAACATAAAATAAAGTGGTTCACAATTTCTCCTCATCTCCTTTACGTCTCACAACCTGTTCCAAATTCCTATCTAATTTTCATCTGAATTCGTTAATAAGTTGGTTCAAACTTCATCTAATTTCAACAAAAAAAAAATTGCTAGCGATAGCAGTTGATTGCTAGATCGAATTAGAGTGGTGTGTTTTCT...
XM_057936274.1
GAAACAGACAAAAGTATGTCACTCCCAAATTTAACGGGATAAATATTACGACAATATTGAAACAAAGAAGAAAACATAAAATAAAGTGGTTCACAATTTCTCCTCATCTCCTTTACGTCTCACAACCTGTTCCAAATTCCTATCTAATTTTCATCTGAATTCGTTAATAAGTTGGTTCAAACTTCATCTAATTTCAACAAAAAAAAAATTGCTAGCGATAGCAGTTGATTGCTAGATCGAATTAGAGTGGTGTGTTTTCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131009072
ATGGGGTTGGGCGATGCGGATCTTCTCGACGACGGGGATGGTGGCGGCGGAGGAGGAAAGGCGTCAGCCGCAGCAGTGCCGTGCTCGATTTGCTTGGATGTGGTGACGGATGCCGGAGATAGATCTTGGGCGAAGCTTCAATGCGGCCATCAATTTCATCTCGATTGCATAGGTTCAGCATTTAACATAAAGGGGGCAATGCAGTGCCCTAACTGCCGGAAAATTGAGAAAGGACAATGGCTTTATGCAAATGGTGGTCG...
LOC131009072
ATGGGGTTGGGCGATGCGGATCTTCTCGACGACGGGGATGGTGGCGGCGGAGGAGGAAAGGCGTCAGCCGCAGCAGTGCCGTGCTCGATTTGCTTGGATGTGGTGACGGATGCCGGAGATAGATCTTGGGCGAAGCTTCAATGCGGCCATCAATTTCATCTCGATTGCATAGGTTCAGCATTTAACATAAAGGGGGCAATGCAGTGCCCTAACTGCCGGAAAATTGAGAAAGGACAATGGCTTTATGCAAATGGTGGTCG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057792256.1
MGLGDADLLDDGDGGGGGGKASAAAVPCSICLDVVTDAGDRSWAKLQCGHQFHLDCIGSAFNIKGAMQCPNCRKIEKGQWLYANGGRQLPEFSMDDLAHDEDLYDLSYSEMQSFGVHWCPFSGLTRLPSSFDEGEFPSSAYHDLLGHHAIFAEHTPVSSTSHPCPYIAYFGPIHPSSSTSSGNVSDGSSFSNHWSGLSAPSEVPNSYAFPSMDAHYHNNWDHSSHFAASNRIGSADLPPIPSVTQRTARNSDIPRPGMHP...
XP_057792257.1
MGLGDADLLDDGDGGGGGGKASAAAVPCSICLDVVTDAGDRSWAKLQCGHQFHLDCIGSAFNIKGAMQCPNCRKIEKGQWLYANGGRQLPEFSMDDLAHDEDLYDLSYSEMSFGVHWCPFSGLTRLPSSFDEGEFPSSAYHDLLGHHAIFAEHTPVSSTSHPCPYIAYFGPIHPSSSTSSGNVSDGSSFSNHWSGLSAPSEVPNSYAFPSMDAHYHNNWDHSSHFAASNRIGSADLPPIPSVTQRTARNSDIPRPGMHPF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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