Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005079

染色体: Chr02 坐标: 72421915-72428239 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005079
名称SmilChr02G005079
描述F-box/LRR-repeat protein 3
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72421915 - 72428239 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009077
GeneID131009077
locus_tag-
NCBI NameLOC131009077
原始查询SmilChr02G005079

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box/LRR-repeat protein 3
产物F-box/LRR-repeat protein 3
ArabidopsisAT5G27920 (AT5G27920)
F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832858]
identity=52.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0108500 (OsFbox636)
-
identity=37.4; qcov=0.992; evalue=1.94e-108; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG-
PfamPF13516 (LRR_6); PF25372 (LRR_FBXL15)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009077

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057792263.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057792263.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792263.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792263.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792263.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72424611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr2:72424685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B44,B77,B91,C67
Chr2:72424706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr2:72424727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B36,C1,C41
Chr2:72424773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:72425409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B54,B56,B82,B96,D7
Chr2:72425818 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:72425894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B104,C3,C85
Chr2:72425914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:72425918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B2,B41,B62
Chr2:72425948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B104,C3,C85
Chr2:72425991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792263.1
636 aa
N
1
318
636
LRR_FBXL15
LRR_6
LRR_FBXL15
LRR_6
LRR_6
LRR_FBXL15
LRR_6
LRR_FBXL15
LRR_6
C
PF25372 LRR_FBXL15 95-261 aa PF13516 LRR_6 115-131 aa PF25372 LRR_FBXL15 305-469 aa PF13516 LRR_6 344-367 aa PF13516 LRR_6 395-419 aa PF25372 LRR_FBXL15 445-520 aa PF13516 LRR_6 447-470 aa PF25372 LRR_FBXL15 472-599 aa PF13516 LRR_6 473-496 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792263.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 95 261 2.7e-36 125.8 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057792263.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 115 131 2.2e-24 84.2 Leucine Rich repeat
XP_057792263.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 305 469 2.7e-36 125.8 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057792263.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 344 367 2.2e-24 84.2 Leucine Rich repeat
XP_057792263.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 395 419 2.2e-24 84.2 Leucine Rich repeat
XP_057792263.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 445 520 2.7e-36 125.8 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057792263.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 447 470 2.2e-24 84.2 Leucine Rich repeat
XP_057792263.1 Pfam PF25372 LRR_FBXL15 Repeat 472 599 2.7e-36 125.8 F-box/LRR-repeat protein 15, leucine rich repeat domain
XP_057792263.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 473 496 2.2e-24 84.2 Leucine Rich repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096395.1
TATCAGTCAATTCCCATCTCCCTTTCGAAACTCACAACGACTTATCACTCCCTCTCTCTCTCACGCACAAACACACACTCCATTTATTTGCTTTCATGTTGATGTTCTACTGCACCTTCGGCGGGAACTGAACCAGGATTCAGATTTTGAGCTGAAACCTAAATTATTCGATTGATTGCATCGAAATCGATAGCGGTGTCGATGCTACGGTGGTGATCGGAAACGAGAAGTGAAAGAAAACGGTATTGATTATTGTAGTG...
XM_057936280.1
TATCAGTCAATTCCCATCTCCCTTTCGAAACTCACAACGACTTATCACTCCCTCTCTCTCTCACGCACAAACACACACTCCATTTATTTGCTTTCATGTTGATGTTCTACTGCACCTTCGGCGGGAACTGAACCAGGATTCAGATTTTGAGCTGAAACCTAAATTATTCGATTGATTGCATCGAAATCGATAGCGGTGTCGATGCTACGGTGGTGATCGGAAACGAGAAGTGAAAGAAAACGGTATTGATTATTGTAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009077
ATGAACCCTCCTCCAATCGTCGTCCTCACAGACGATCTCCTCCTCAAGATACTCTCTCTCCTCCCCGACGACTCCGACCGCAAATCGCTCCGGTCAACATCCAAGGCCTTCCGCAAGCTCGACTCGCTCCACCGCACTCACCTCCGCCTCCTCCGCCCCGACTTCCTCCCCTCCCTCCTCCCCAACCTCCCGCGCCTCGCCTCCCTCGACCTCTCCGTCTGCCCCGGCATCGACGCCGCCGCCGTCTCCCTCATCCTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792263.1
MNPPPIVVLTDDLLLKILSLLPDDSDRKSLRSTSKAFRKLDSLHRTHLRLLRPDFLPSLLPNLPRLASLDLSVCPGIDAAAVSLILPWTRRINRLHLGRCTALRSHALGALVRSCPNLHTLDVSYCTAFGDLEAAALSSAAGLRDLNLDKCLNISDAGLAKVAVGCPELRSLSLRWCFGVTDIGIQLLSNKCLHLKRLDISYLKVSSESLRWISEMERLETLQMVGCGSVDDMGLLHIANKCASLKVLDISRCDRLSMDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器