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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005095`

染色体: Chr02 坐标: 72521755-72523572 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005095`
名称	SmilChr02G005095
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01860
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	72521755 - 72523572 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009091`
GeneID	`131009091`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009091`
原始查询	`SmilChr02G005095`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01860
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01860
Arabidopsis	`AT2G01860` (EMB975) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814717] identity=56.5; qcov=0.966; evalue=2.81e-176; confidence=high
Rice	`Os02g0118000` - identity=52.3; qcov=0.835; evalue=4.19e-133; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13812 (PPR_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009091

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057792283.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057792283.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792283.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792283.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792283.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:72521845`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:72521845`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:72521846`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B110,B118,B12,B121,B18,C24
`Chr2:72521849`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:72521849`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:72521859`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	B115,B129,B27,B4,C39,C45,D10
`Chr2:72521924`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr2:72522052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B61,C14,C64,C66
`Chr2:72522155`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,D7
`Chr2:72522325`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B88,B95
`Chr2:72522436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B30,B73,C39
`Chr2:72522526`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,C2,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792283.1

467 aa

234

467

PPR_3

PPR

PPR_3

PF13812 PPR_3 357-389 aa PF01535 PPR 359-389 aa PF13812 PPR_3 380-438 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792283.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	357	389	1.3e-11	45.1	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057792283.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	359	389	5.5e-07	30.1	PPR repeat
`XP_057792283.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	380	438	1.3e-11	45.1	Pentatricopeptide repeat domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936300.1
AAGATAGTTGAGGACTCGAAGTCGGTACTACAACGTAAAACTTTATGGAACAACATAGAAACGCTTGGACGATGAAATCATGAAAGCGAAGTAATTGAAAATTTTGGAGATTCCGTTGATCATCTCTCCCTATCTCAGTCACACACAAACACATTTTTGTGAGATTTTTCAGGCTCAATACGGTTTCTACAGAGTCAGAGATATCCAATCGGAAGTGCATACAATCTACAGATTTCTCCGTATACCAGATGTTCGACGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009091
ATGGAGAGCTTAATCTGCTACACGTCTTCCCATCCGTTCCACTGCAGCAGATTTTCACACGGAGTAACATTCGCATCGCGCTCCCGCACCAAAAAACACAACCACAAAAAGCTGCAGCTTCCGAAGAACCTTCGCCATCGCCGGCACACTGAGGCTCCGCCGGACTTCCACCCTCCGATTCATCGCGTCGAGGATCCCGACGGTTGTGATGAAATCGATGGTAGTGATAGTTATGATGGAAATATATCATGGGAGCCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792283.1
MESLICYTSSHPFHCSRFSHGVTFASRSRTKKHNHKKLQLPKNLRHRRHTEAPPDFHPPIHRVEDPDGCDEIDGSDSYDGNISWEPDEIEAISSLFQGRVPQKPGNLDRQRPLPLPLPHKIRPLGVPTPKKLIRTHVAVSRQPVSNQIYKNPSFLIGLAREIKSLPPDDNVSTVLNQWSRLLRKGSLSLTVRELGHMGLPGRALHVLCWAQNQPHLFPDDRTLASTVEVMARAHELKMPFELDKFLSLASQSVYEAVVRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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