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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005119

染色体: Chr02 坐标: 72680046-72684140 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005119
名称SmilChr02G005119
描述cytochrome P450 72A397-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72680046 - 72684140 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009114
GeneID131009114
locus_tag-
NCBI NameLOC131009114
原始查询SmilChr02G005119

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 72A397-like
产物cytochrome P450 72A397-like
ArabidopsisAT3G14690 (CYP72A15)
cytochrome P450, family 72, subfamily A, polypeptide 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820697]
identity=52.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0627500 (OsCYP72A18)
-
identity=52.5; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009114

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057792315.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057792315.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792315.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792315.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792315.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72680221 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B73
Chr2:72680221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr2:72680254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:72680260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B115,C1
Chr2:72680261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:72681080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C32,C35,C43,C55
Chr2:72681164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C32,C35,C55,C68
Chr2:72681182 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 C32,C35,C55,C68
Chr2:72681182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C32,C35,C55,C68
Chr2:72681605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A21,A3,B68,C45
Chr2:72681681 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B131,B33,C85
Chr2:72681681 G GT 1bp_insertion CDS_variant 3 B131,B33,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792315.1
519 aa
N
1
260
519
p450
C
PF00067 p450 88-494 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792315.1 Pfam PF00067 p450 Domain 88 494 1.3e-85 288.7 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936332.1
GGAGTTGACTGACTTTTCCTGGTCTGAAATTTCCACTTTCTAGTGCCGTATAGTAGCAAATTAGGAAAAGCAGAGGGGCATAACAGTAAAAAAAGTGGATGCTATAATAAAAGCAGAGCATCATCTCAGCAAAGGCGATATCAAAGATTGATAAACTATGGAAATCGTATTATCCCAGATAATTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTTTTGCGCTTGTGGTGAAATTACTGAACTGGGCATACCTGCGGCCGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009114
ATGGAAATCGTATTATCCCAGATAATTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTTTTGCGCTTGTGGTGAAATTACTGAACTGGGCATACCTGCGGCCGAAGCGGCTGGAGAAAGCCCTGAGGAAGCAGGGGCTGAATGGTAATTCCTACAGACTGCTGATTGGCGACTTGAGAGATTTCAACAAGGCCACGGAAGAAGCCAAGTCGAAGCCCATCAATCTCGACGATGATATCAAGACAAGAGTTGTGCCCTTTTTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792315.1
MEIVLSQIIAAAAAAVAAFALVVKLLNWAYLRPKRLEKALRKQGLNGNSYRLLIGDLRDFNKATEEAKSKPINLDDDIKTRVVPFLFKTLSKFGKDSFFWFGPNPTLIVTDPDLVKEILGKSDLFPKVRSSNPLTRLLAQGVQSHEKEKWAKHRKIINPAFHLDKLKLMIPAFCLSCDQVVSEWEKSLSPEGCCEVDVWPYLQKVTSDAISRTAFGSSYQQGRRIFELQSEQANYAMHALRSVYIPGWRYVPTKRNKRMK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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