Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005122

染色体: Chr02 坐标: 72699283-72703370 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005122
名称SmilChr02G005122
描述cytochrome P450 72A397-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72699283 - 72703370 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009115
GeneID131009115
locus_tag-
NCBI NameLOC131009115
原始查询SmilChr02G005122

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 72A397-like
产物cytochrome P450 72A397-like
ArabidopsisAT3G14690 (CYP72A15)
cytochrome P450, family 72, subfamily A, polypeptide 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820697]
identity=51; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0627500 (OsCYP72A18)
-
identity=51.7; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009115

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057792316.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057792316.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792316.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792316.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792316.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72699409 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 4 B80,C27,C31,C74
Chr2:72699409 C CT 1bp_insertion CDS_variant 4 B80,C27,C31,C74
Chr2:72699411 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B80,C27,C31,C74
Chr2:72699411 CT C 1bp_deletion CDS_variant 4 B80,C27,C31,C74
Chr2:72699473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:72701175 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B129
Chr2:72701175 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr2:72701833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B137,B48,B54,B82
Chr2:72701895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B137,B54,B82
Chr2:72701924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:72702016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,D4
Chr2:72702019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792316.1
519 aa
N
1
260
519
p450
C
PF00067 p450 88-494 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792316.1 Pfam PF00067 p450 Domain 88 494 1.4e-83 282.0 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936333.1
TGGTCTGCAATTTCCACTTTCTAGTGCCGTAGAGTAGAGCTTCATCTCAGCAAAAAGATTGATAAACTATGGAAATCGTATTATCCCAGATAATTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGCTGCTTTTGCGCTTGTGGTGAAATTACTGAACTGGGCATACCTGCGGCCGAAGCGGCTGGAGAAAGCCCTGAGGAAGCAGGGGCTGAATGGTAATTCCTACAGACTGCTGATTGGCGACTTGAGAGATTTGATCAAGGCCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009115
ATGGAAATCGTATTATCCCAGATAATTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGCTGCTTTTGCGCTTGTGGTGAAATTACTGAACTGGGCATACCTGCGGCCGAAGCGGCTGGAGAAAGCCCTGAGGAAGCAGGGGCTGAATGGTAATTCCTACAGACTGCTGATTGGCGACTTGAGAGATTTGATCAAGGCCACAGAAGAAGCCAAGACGAAGCCCATCAATCTCGATGATGATATCAACACAAGAGTTGTGCCCTTTTTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792316.1
MEIVLSQIIAAAAVAVAAFALVVKLLNWAYLRPKRLEKALRKQGLNGNSYRLLIGDLRDLIKATEEAKTKPINLDDDINTRVVPFFVNTLSKFGKDSFFWFGPNPSLIVTDPDLAKEILGKSDLFPKVQSSNPLSRLLVQGVLSHEKEKWAKHRKIINPAFHLDKLKLMIPAFCLSCDQVVSEWEKSLSPEGCCEVDVWPYLQKITSDAISRTAFGSSYQQGRRIFELQSEQANYAMHALRSVYIPGWRYVPTKRNKRMK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器