当前解析结果
SmilChr02G005127| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005127 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005127 |
| 描述 | cytochrome P450 72A397-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 72743889 - 72747425 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009121 |
|---|---|
| GeneID | 131009121 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009121 |
| 原始查询 | SmilChr02G005127 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome P450 72A397-like |
| 产物 | cytochrome P450 72A397-like |
| Arabidopsis | AT3G14690 (CYP72A15)cytochrome P450, family 72, subfamily A, polypeptide 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820697] identity=53.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0627500 (OsCYP72A18)- identity=55.1; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009121 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057792322.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057792322.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792322.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792322.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792322.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:72743972 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr2:72743994 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,C49,C9 |
Chr2:72744009 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr2:72744062 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr2:72744087 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,B37 |
Chr2:72744121 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:72744316 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 10 | A1,B103,B117,B135,B45,B83,B88,C53,C61,D2 |
Chr2:72744324 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C53 |
Chr2:72744324 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr2:72744325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B103 |
Chr2:72744325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr2:72744380 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792322.1PF00067
p450 80-491 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792322.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 80 | 491 | 9.8e-84 | 282.5 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。