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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005135`

染色体: Chr02 坐标: 72791585-72794428 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005135`
名称	SmilChr02G005135
描述	ras-related protein YPT3
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	72791585 - 72794428 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009132`
GeneID	`131009132`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009132`
原始查询	`SmilChr02G005135`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ras-related protein YPT3
产物	ras-related protein YPT3
Arabidopsis	`AT5G45750` (RABA1c) RAB GTPase homolog A1C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834614] identity=78.9; qcov=1; evalue=3.36e-126; confidence=high
Rice	`Os06g0551400` (OsRab11) - identity=79.2; qcov=0.991; evalue=1.97e-128; confidence=high
GO	GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005768 (endosome)
KEGG	smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00025 (Arf); PF00071 (Ras); PF01926 (MMR_HSR1); PF08477 (Roc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009132

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	1.00000	`XP_057792334.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057792334.1`
3	Trans-golgi network	Trans-golgi network	1.00000	`XP_057792334.1`
4	Endosome	内体	1.00000	`XP_057792334.1`
5	Vesicle	囊泡	0.80000	`XP_057792334.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:72791956`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C62
`Chr2:72793822`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B122,B65
`Chr2:72794008`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B62,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792334.1

218 aa

109

218

Arf

Roc

Ras

MMR_HSR1

PF00025 Arf 14-162 aa PF08477 Roc 15-129 aa PF00071 Ras 15-175 aa PF01926 MMR_HSR1 16-121 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792334.1`	Pfam	`PF00025`	Arf	Domain	14	162	2.8e-12	47.2	ADP-ribosylation factor family
`XP_057792334.1`	Pfam	`PF08477`	Roc	Domain	15	129	1.2e-34	119.8	Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
`XP_057792334.1`	Pfam	`PF00071`	Ras	Domain	15	175	6.3e-64	215.1	Ras family
`XP_057792334.1`	Pfam	`PF01926`	MMR_HSR1	Family	16	121	2.9e-06	28.1	50S ribosome-binding GTPase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936351.1
CAAAATTATCCTGAATAAGATACCATGTATTATAATTACCCTAAAATATATTGGAAGTTTGTAATACTACATTTTTTAACATGTAAAGATTCAATTTTTACAAAGTTTTATGTAGCAAGGGGTGTTGTTCAAATTAGCCCAAGAATCTAGCAAAATCCCCCGACATCAGTCTCCAAGTCTAATCTCCCCACTTCCAACATTCCTTCGAGAAGCCATCATTTCGCAAACCCCCCTTTTTTTAATTTTTCTGAATCATCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009132
ATGGCTGCCTACAAGGGCGAAGATGAGTACGATTATCTCTTCAAACTAGTGCTAATCGGCGATTCGGGTGTTGGGAAATCGAATCTTCTCTCGAGATTCACCAAGAACGAGTTCAATCTCGAGTCCAAGTCCACTATAGGCGTTGAGTTCGCAACCCGGAGTCTTAATATTGATGGTAAAGTTATCAAGGCTCAGATTTGGGATACCGCCGGTCAAGAAAGATATCGTGCCATCACTAGTGCTTACTATCGAGGAGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792334.1
MAAYKGEDEYDYLFKLVLIGDSGVGKSNLLSRFTKNEFNLESKSTIGVEFATRSLNIDGKVIKAQIWDTAGQERYRAITSAYYRGAVGALLVYDVTRRSTFENVLRWLNELRDHTDPNIVVMLIGNKSDLRHLRAVSTEDGQELAERESLYFMETSALEAINVDNAFTEVLAEIHRVVSRKAVEAGDEAATSSVPSKGQTINVKDDTSAWKKLGCCSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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