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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005145

染色体: Chr02 坐标: 72853322-72853687 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005145
名称SmilChr02G005145
描述NDR1/HIN1-like protein 6
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72853322 - 72853687 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009964
GeneID131009964
locus_tag-
NCBI NameLOC131009964
原始查询SmilChr02G005145

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述NDR1/HIN1-like protein 6
产物NDR1/HIN1-like protein 6
ArabidopsisAT1G17620 (AT1G17620)
Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838339]
identity=54.6; qcov=0.983; evalue=1.04e-25; confidence=medium
RiceOs01g0574800
-
identity=47.7; qcov=0.537; evalue=7.65e-14; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009964

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793343.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793343.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793343.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793343.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793343.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72853392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B35,B80,C26,C32,C68
Chr2:72853482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B7
Chr2:72853540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B140,B35,C26
Chr2:72853585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr2:72853590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr2:72853591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr2:72853641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B7
Chr2:72853683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937360.1
ATGACAAACAGAGTGTATCCAGCAGCAAAGCCAACCGCCAATGGCGGTGCCGCCCTCGCCGCCGCCAACCCTACATTCCCGGCGACCAAAGCTCAGCTCTATAACGCCAATCGGCCGGCCTACCGCCCACGGCCACCGCGACGAGGCCACCGGCGGAGCTGCTGCTGCTCCATCTGCCTCTGGACGACTCTCCTAATCATCCTCGTCCTCATCCTCGCCGCCGCCGCCTCCGCCGTGTTCTACGTCGTCTACCGCCCGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009964
ATGACAAACAGAGTGTATCCAGCAGCAAAGCCAACCGCCAATGGCGGTGCCGCCCTCGCCGCCGCCAACCCTACATTCCCGGCGACCAAAGCTCAGCTCTATAACGCCAATCGGCCGGCCTACCGCCCACGGCCACCGCGACGAGGCCACCGGCGGAGCTGCTGCTGCTCCATCTGCCTCTGGACGACTCTCCTAATCATCCTCGTCCTCATCCTCGCCGCCGCCGCCTCCGCCGTGTTCTACGTCGTCTACCGCCCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793343.1
MTNRVYPAAKPTANGGAALAAANPTFPATKAQLYNANRPAYRPRPPRRGHRRSCCCSICLWTTLLIILVLILAAAASAVFYVVYRPHRPSFSVASLQLARFNLTDTAVTSAFNVTLIALSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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