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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005156

染色体: Chr02 坐标: 72920166-72923263 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005156
名称SmilChr02G005156
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL7
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向72920166 - 72923263 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009148
GeneID131009148
locus_tag-
NCBI NameLOC131009148
原始查询SmilChr02G005156

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase PBL7
产物probable serine/threonine-protein kinase PBL7
ArabidopsisAT3G58690 (AT3G58690)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825038]
identity=74.7; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0207700
-
identity=65.9; qcov=1.02; evalue=3.91e-173; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009148

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057792355.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792355.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792355.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792355.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792355.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:72920427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B36,B76,C54,C70
Chr2:72920521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr2:72920531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr2:72920549 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B26,B78
Chr2:72921132 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B89
Chr2:72921132 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B89
Chr2:72921234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr2:72921794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr2:72922073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792355.1
391 aa
N
1
196
391
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 91-296 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 92-365 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792355.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 91 296 5.5e-43 148.0 Protein kinase domain
XP_057792355.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 92 365 5.9e-46 157.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936372.1
ACGGAAGAAGACAAACACAACCTGAGCAGAGAAAAGGAAAGAAATCAGAGGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAGAGTCCCCCCTTCCATTGAGACACTGGTGCCCCATTTGTCACTTCAGACTTCAGACTTCACGTTTTCCTTTCCTTCTCTCTCTCTCTCTCACAGCTTCTTCATTTACATTTCGCCATAAAATATTCAGATACATAATACATATATTGGCAGTTTGCGGCAATGGGAGGTGAGAACGAAGATTACAAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009148
ATGGGAGGTGAGAACGAAGATTACAAGAAGGAGAGCATTGCATTGGCTGCAATCCTCGTTTTTGCATCTCTCTCCGTTGCTTCAGTTCTTGTAACATTAACCTACTACTGCTACTTGAGGTACCAACTCTCCAAGCGTGCCAAGATCCAACAACAAAAGATCTACCATGAGGAGAAAGCTAGCAATTTTGCCAACATCCAAGTTGCCACAGAGAGAGGGCTTCAGGTCTTCACTTTCAAGCAGCTGCATTCAGCCACTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792355.1
MGGENEDYKKESIALAAILVFASLSVASVLVTLTYYCYLRYQLSKRAKIQQQKIYHEEKASNFANIQVATERGLQVFTFKQLHSATGGFGKSNVIGRGAFGLVYRGVLQNGRKVAVKLMDQAGKQGENEFTAEVELLGRLASPYLLSLIGFCSESNHKLLVYEFMANGGLQEHLYPISGSKSMPSNLNWETRLRIALEAAKGLEYLHEHVSPPVIHRDFKSSNILLDKNFHAKVSDFGLAKHGPEKAGAHVSTRVLGTQG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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