Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005166`

染色体: Chr02 坐标: 72994608-72997127 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005166`
名称	SmilChr02G005166
描述	trihelix transcription factor ENAP2
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	72994608 - 72997127 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009158`
GeneID	`131009158`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009158`
原始查询	`SmilChr02G005166`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	trihelix transcription factor ENAP2
产物	trihelix transcription factor ENAP2
Arabidopsis	`AT3G58630` (AT3G58630) sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825032] identity=38.7; qcov=0.883; evalue=1.31e-50; confidence=medium
Rice	`Os05g0560600` - identity=49.6; qcov=0.331; evalue=1.02e-28; confidence=low
GO	GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF10545 (MADF_DNA_bdg); PF12776 (Myb_DNA-bind_3); PF13837 (Myb_DNA-bind_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009158

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792369.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792369.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792369.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792369.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792369.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:72996205`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,B7,C85
`Chr2:72996382`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B60,C47
`Chr2:72996465`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,C45
`Chr2:72996477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:72996789`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A6
`Chr2:72996789`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A6
`Chr2:72996798`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,D10
`Chr2:72996849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr2:72996943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B44,B51,B85,C12
`Chr2:72996957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B127,B29
`Chr2:72996958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B53,C47
`Chr2:72997013`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792369.1

360 aa

180

360

Myb_DNA-bind_4

Myb_DNA-bind_3

MADF_DNA_bdg

PF13837 Myb_DNA-bind_4 58-149 aa PF12776 Myb_DNA-bind_3 60-127 aa PF10545 MADF_DNA_bdg 80-149 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792369.1`	Pfam	`PF13837`	Myb_DNA-bind_4	Domain	58	149	8.1e-19	68.5	Myb/SANT-like DNA-binding domain
`XP_057792369.1`	Pfam	`PF12776`	Myb_DNA-bind_3	Domain	60	127	8e-06	27.5	Myb/SANT-like DNA-binding domain
`XP_057792369.1`	Pfam	`PF10545`	MADF_DNA_bdg	Domain	80	149	9.3e-06	26.6	Alcohol dehydrogenase transcription factor Myb/SANT-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936386.1
ATCCCAAAATTTTCAATTTTCACAAAACATTCCTCTTTCAATATTTCACCGCACCGCCACCGCCACCGCCACCGCCGCCGCGACATGTCCTCCCAACCCTCCCCTTCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCCCGCCGCCTCCCCTCGGACAACGAGAATCCCGCGCCGCCCGCCTCCCCCGCGAAGCCGGACTCCCCGTCGGGGCCGCCGTCTCCGCCGCCGCAGAAGACCCCCGCCTTCCCCAGCCGCGAGGACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009158
ATGTCCTCCCAACCCTCCCCTTCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCCCCTCCCCCCGCCGCCTCCCCTCGGACAACGAGAATCCCGCGCCGCCCGCCTCCCCCGCGAAGCCGGACTCCCCGTCGGGGCCGCCGTCTCCGCCGCCGCAGAAGACCCCCGCCTTCCCCAGCCGCGAGGACTGCTGGTCGGAGGAGGCGACGCGCACGCTGATTGAGGCGTGGGGGGCCCAGTACCTCCACCTCAACCGCGGCAACCTCCGCCAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792369.1
MSSQPSPSPPPSPSPSPRRLPSDNENPAPPASPAKPDSPSGPPSPPPQKTPAFPSREDCWSEEATRTLIEAWGAQYLHLNRGNLRQQHWRAVADAVNAAHNAKLRRTDAQCKNRIDTTKKKYKIEKSKAVQSGGRYVPAWPHFHSLDALIGDSFSKTAAAAVNVNAGHSKNLRRRISPPPEISPSPSPSPSPEPFPSGRKVSPAIRRPSRDPAVSQLLSLPWSVPVGPRSKRSGPGSVTERNFSVMAAAAAAMEAEQDEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器