Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005177

染色体: Chr02 坐标: 73062182-73064520 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005177
名称SmilChr02G005177
描述dihydroneopterin aldolase 2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73062182 - 73064520 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009170
GeneID131009170
locus_tag-
NCBI NameLOC131009170
原始查询SmilChr02G005177

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dihydroneopterin aldolase 2-like
产物dihydroneopterin aldolase 2-like
ArabidopsisAT5G62980 (FOLB2)
Dihydroneopterin aldolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836418]
identity=61.5; qcov=0.865; evalue=1.41e-48; confidence=medium
RiceOs08g0556200
-
identity=69.2; qcov=0.851; evalue=2.38e-58; confidence=high
GOGO:0004150 (dihydroneopterin aldolase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006760 (folic acid-containing compound metabolic process)
KEGGsmil00790 (Folate biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02152 (FolB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009170

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792390.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057792387.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057792390.1
4 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057792387.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792387.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73062368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr2:73062421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr2:73062443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:73062946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792387.1
152 aa
N
1
76
152
FolB
C
PF02152 FolB 32-142 aa
XP_057792388.1
152 aa
N
1
76
152
FolB
C
PF02152 FolB 32-142 aa
XP_057792389.1
152 aa
N
1
76
152
FolB
C
PF02152 FolB 32-142 aa
XP_057792390.1
141 aa
N
1
70
141
FolB
C
PF02152 FolB 21-131 aa
XP_057792392.1
141 aa
N
1
70
141
FolB
C
PF02152 FolB 21-131 aa
XP_057792393.1
141 aa
N
1
70
141
FolB
C
PF02152 FolB 21-131 aa
XP_057792394.1
141 aa
N
1
70
141
FolB
C
PF02152 FolB 21-131 aa
XP_057792395.1
141 aa
N
1
70
141
FolB
C
PF02152 FolB 21-131 aa
XP_057792396.1
141 aa
N
1
70
141
FolB
C
PF02152 FolB 21-131 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792387.1 Pfam PF02152 FolB Domain 32 142 3.7e-35 121.6 Dihydroneopterin aldolase
XP_057792388.1 Pfam PF02152 FolB Domain 32 142 3.7e-35 121.6 Dihydroneopterin aldolase
XP_057792389.1 Pfam PF02152 FolB Domain 32 142 3.7e-35 121.6 Dihydroneopterin aldolase
XP_057792390.1 Pfam PF02152 FolB Domain 21 131 2.9e-35 121.9 Dihydroneopterin aldolase
XP_057792392.1 Pfam PF02152 FolB Domain 21 131 2.9e-35 121.9 Dihydroneopterin aldolase
XP_057792393.1 Pfam PF02152 FolB Domain 21 131 2.9e-35 121.9 Dihydroneopterin aldolase
XP_057792394.1 Pfam PF02152 FolB Domain 21 131 2.9e-35 121.9 Dihydroneopterin aldolase
XP_057792395.1 Pfam PF02152 FolB Domain 21 131 2.9e-35 121.9 Dihydroneopterin aldolase
XP_057792396.1 Pfam PF02152 FolB Domain 21 131 2.9e-35 121.9 Dihydroneopterin aldolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936413.1
GAATAAAAAAAGAGAGAATAGAATAATATTGTAAGTGAGCAAGGGGTGTGCAGAAACCGAACCGACCGAAAATAGGCGGTTTGGTTCGGTTTGTTAAAAAATTGGTCACTAGTATTCTTTGTGTGAAGGGGACCGGTCACCTGTGAACTATAGCGACGTCGGGAGCTCATCACTGATGACATCATCCGCCGTTGCTGTATCAACGGATCACGGGGAGATGATGGGAGACAAGCTTGTATTAAGGGGTCTAAAGTTCCACG...
XM_057936409.1
GAATAAAAAAAGAGAGAATAGAATAATATTGTAAGTGAGCAAGGGGTGTGCAGAAACCGAACCGACCGAAAATAGGCGGTTTGGTTCGGTTTGTTAAAAAATTGGTCACTGTGAGCTAATTTGCACACACTCTTTTATCTTTTCGTTTTATCTTTTTCTTTCTTTTATCTTTTGCTCTCTCTCAAAAATCCATTTCTACTTCAACTTCTGAGTATTCTTTGTGTGAAGGGGACCGGTCACCTGTGAACTATAGCGACGTC...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC131009170
ATGACATCATCCGCCGTTGCTGTATCAACGGATCACGGGGAGATGATGGGAGACAAGCTTGTATTAAGGGGTCTAAAGTTCCACGGGTTCCACGGGGTGAAGGAAGAAGAGAGGAAGTTGGGTCAGAAGTTTCTGGTCGACGTAGATGCCTGGATGGATCTTCAACCAGCAGGGCTTTCCGACTCACTCTCAGATACCATCAGCTATACTGCTATATATCGCGTGGTTAAAGAAGTCTTGGAAGGAGCCCCTCATAATCT...
LOC131009170
ATGACATCATCCGCCGTTGCTGTATCAACGGATCACGGGGAGATGATGGGAGACAAGCTTGTATTAAGGGGTCTAAAGTTCCACGGGTTCCACGGGGTGAAGGAAGAAGAGAGGAAGTTGGGTCAGAAGTTTCTGGTCGACGTAGATGCCTGGATGGATCTTCAACCAGCAGGGCTTTCCGACTCACTCTCAGATACCATCAGCTATACTGCTATATATCGCGTGGTTAAAGAAGTCTTGGAAGGAGCCCCTCATAATCT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057792387.1
MTSSAVVMPLCRSTLSSAVSTDHGEMMGDKLVLRGLKFHGFHGVKEEERKLGQKFLVDVDAWMDLQPAGLSDSLSDTISYTAIYRVVKEVLEGAPHNLLESVTESIASTILNEYPRISAVRVVLGKPHVAVAGPVDYLGVEIIRRRKRVVQS
XP_057792388.1
MTSSAVVMPLCRSTLSSAVSTDHGEMMGDKLVLRGLKFHGFHGVKEEERKLGQKFLVDVDAWMDLQPAGLSDSLSDTISYTAIYRVVKEVLEGAPHNLLESVTESIASTILNEYPRISAVRVVLGKPHVAVAGPVDYLGVEIIRRRKRVVQS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器