Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005178`

染色体: Chr02 坐标: 73078304-73085938 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005178`
名称	SmilChr02G005178
描述	protein trichome birefringence-like 39
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	73078304 - 73085938 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009172`
GeneID	`131009172`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009172`
原始查询	`SmilChr02G005178`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein trichome birefringence-like 39
产物	protein trichome birefringence-like 39
Arabidopsis	`AT2G42570` (TBL39) TRICHOME BIREFRINGENCE-LIKE 39 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818857] identity=65.9; qcov=0.948; evalue=1.25e-174; confidence=high
Rice	`Os01g0652100` (OsTBL21) - identity=60.6; qcov=0.877; evalue=6.24e-153; confidence=high
GO	GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016413 (O-acetyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF13839 (PC-Esterase); PF14416 (PMR5N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009172

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057792398.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057792398.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792398.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792398.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792398.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:73078706`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B4
`Chr2:73078706`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B4
`Chr2:73078738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B45,B78,C8
`Chr2:73078794`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	24	A11,A13,A4,B105,B113,B119,B130,B132,B134,B14,B23,B28,B42,B43,B8,B80,B97,C20,C26,C3,C39,C49,D4,D5
`Chr2:73078802`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	74	A14,A15,A18,A19,A25,A5,A6,A8,B10,B101,B107,B108,B112,B115,B118,B120,B121,B125,B128,B133,B136,B29,B3,B30,B33,B36,B41,B46,B47,B50,B54,B59,B64,B65,B67,B69,B70,B71,B74,B75,B77,B79,B81,B86,B87,B88,B90,B92,C1,C14,C17,C23,C27,C28,C31,C34,C36,C41,C44,C45,C46,C5,C50,C7,C72,C75,C77,C78,C79,C8,C82,C84,C87,D8
`Chr2:73079295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr2:73083869`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B102,B107,B35,D4
`Chr2:73083879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B109
`Chr2:73085328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B136,B98,C49
`Chr2:73085455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr2:73085462`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,C33,C37,C61
`Chr2:73085491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792398.1

365 aa

182

365

PMR5N

PC-Esterase

PF14416 PMR5N 46-98 aa PF13839 PC-Esterase 99-361 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792398.1`	Pfam	`PF14416`	PMR5N	Domain	46	98	4.7e-24	85.2	PMR5 N terminal Domain
`XP_057792398.1`	Pfam	`PF13839`	PC-Esterase	Family	99	361	8.6e-92	308.8	GDSL/SGNH-like Acyl-Esterase family found in Pmr5 and Cas1p

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936415.1
TTTAATTTTGAAAAATTGTCTACATATTCCGACTTGTTGTATGTTTATAAATTATAACACATCACAAAATCAACAGAATTTTCACTAGTCTCACCATATACAAAAAAGAAGAAGTTGATAAATGATCTCACCCCACATGCGCATAATTATTCAAAGCATCCAAATTTTCATTTATTTCCTGCTAGTACAATTTTTATTTATTTAATTTTATTTTTATTTTTACCACTATTTATGTGGCTGGTGGAATTGCACATTTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009172
ATGGGGCTGCTATTAACAGCCCTAATCATCTCCGCAGCTCTCTTCCTCTCGCCAAATGCCGCGGCGGCCGAGCTCCGCCTCAACGACAGCCGCACCGCGGCGGCTGCTAGAGAGCTCGCCGGCGTCGGCGGAGGGGGATGCAACATCTTCCGCGGAAAATGGGTGTACGACGCCTCCTACCCTCTCTACGACTCCTCGACGTGCCCCTTCATCGACGACGAATTCAACTGCCTCAAATACAACCGGCCCGATCGGAATTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792398.1
MGLLLTALIISAALFLSPNAAAAELRLNDSRTAAAARELAGVGGGGCNIFRGKWVYDASYPLYDSSTCPFIDDEFNCLKYNRPDRNYLKYRWQPFSCNLARFNGLNFLERMRGKKIMFVGDSLSLNMWESLSCMIHSGVPKARTSLVRREGLGQLTFLDYGVKLMLYRTPYLVDMETQKAGRVLKLDSIRSGDAWLGMDVLIFNTWHWWTHTGSSQPWDYIEEGGKLYKDTNRLIAYYKGLTTWARWVNRNIDPSKTKVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器