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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005179

染色体: Chr02 坐标: 73085208-73087557 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005179
名称SmilChr02G005179
描述signaling peptide TAXIMIN 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73085208 - 73087557 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009173
GeneID131009173
locus_tag-
NCBI NameLOC131009173
原始查询SmilChr02G005179

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述signaling peptide TAXIMIN 1-like
产物signaling peptide TAXIMIN 1-like
ArabidopsisAT2G31090 (AT2G31090)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817665]
identity=84.9; qcov=0.507; evalue=1.83e-32; confidence=medium
RiceOs01g0214500
-
identity=71.4; qcov=0.535; evalue=2.12e-37; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF28483 (TAXIMIN)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009173

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057792399.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057792399.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792399.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792399.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792399.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73087237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,B78,B95,C38
Chr2:73087334 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 140 A10,A11,A2,A22,A4,B100,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B120,B122,B123,B124,B126,B128,B129,B13,B130,B133,B134,B135,B136,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B21,B23,B25,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B50,B53,B55,B57,B58,B59,B6,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B69,B7,B72,B74,B75,B77,B8,B82,B83,B84,B88,B89,B9,B91,B97,C10,C14,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C22,C23,C24,C26,C28,C29,C3,C32,C34,C37,C38,C39,C40,C43,C45,C47,C48,C49,C52,C55,C58,C59,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C70,C72,C77,C78,C79,C8,C81,C84,C85,C87,D10,D2,D4,D9
Chr2:73087408 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 86 A11,A19,A20,A25,A4,B10,B100,B101,B102,B111,B113,B114,B118,B119,B125,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B138,B14,B17,B19,B23,B25,B28,B32,B37,B38,B39,B42,B43,B44,B45,B46,B5,B51,B55,B57,B62,B67,B68,B77,B80,B85,B86,B91,B93,B97,B99,C1,C11,C12,C15,C2,C22,C23,C24,C26,C3,C35,C37,C39,C42,C45,C46,C51,C54,C62,C69,C70,C71,C72,C74,C77,C80,C83,C86,C9,D1,D4,D5,D6,D9
Chr2:73087423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr2:73087452 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 38 A11,A14,A15,B1,B105,B113,B119,B122,B129,B130,B132,B134,B14,B23,B28,B42,B43,B49,B50,B54,B59,B68,B79,B8,B80,B87,B93,B97,C22,C26,C3,C37,C39,C45,C70,D4,D5,D9
Chr2:73087458 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 38 A11,A14,A15,B1,B105,B113,B119,B122,B129,B130,B132,B134,B14,B23,B28,B42,B43,B49,B50,B54,B59,B68,B79,B8,B80,B87,B93,B97,C22,C26,C3,C37,C39,C45,C70,D4,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792399.1
144 aa
N
1
72
144
TAXIMIN
C
PF28483 TAXIMIN 68-144 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792399.1 Pfam PF28483 TAXIMIN Family 68 144 7.5e-37 126.3 TAXIMIN

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936416.1
CAAATTCTCGAATCTAAACTAGTAAAATCCCATGCAATTTCTGTATTTGGTATAACGACAACCTATTTAATGAGAATAAAGTTAGCCACCTCGCATGTTACAAAATTACTCCATTATTTATACATTTATTTAATCCATGCCTCACTCTCATTCATCATTCCTCCCAAAAGAAAAGGAAAAAAAGAAAAAAAAAAGCTCAACAAAACAAAAGGAAAGCAACAAAGCTCGCGAAATTTCGAGAAAAATCGAGGTGGTGAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009173
ATGAGAATAAAGTTAGCCACCTCGCATGTTACAAAATTACTCCATTATTTATACATTTATTTAATCCATGCCTCACTCTCATTCATCATTCCTCCCAAAAGAAAAGGAAAAAAAGAAAAAAAAAAGCTCAACAAAACAAAAGGAAAGCAACAAAGCTCGCGAAATTTCGAGAAAAATCGAGGTGGTGAAGATCAGCGGGAGATGTGCTGCGGCGACGGCGATTGCAGGCCTCTAGGGTTCCTGCTGGGGCTGCCCTTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792399.1
MRIKLATSHVTKLLHYLYIYLIHASLSFIIPPKRKGKKEKKKLNKTKGKQQSSRNFEKNRGGEDQREMCCGDGDCRPLGFLLGLPFAFLSLIISLIGILIWIVGLLLSCICPCCLCVTLLVEMALELIKAPIHVMEWFTSQIPC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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