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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005182

染色体: Chr02 坐标: 73110085-73112824 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005182
名称SmilChr02G005182
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g58590
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73110085 - 73112824 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009175
GeneID131009175
locus_tag-
NCBI NameLOC131009175
原始查询SmilChr02G005182

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g58590
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g58590
ArabidopsisAT3G58590 (AT3G58590)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825028]
identity=45.8; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0754700
-
identity=39.4; qcov=0.84; evalue=2.48e-150; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009175

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792402.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792402.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792402.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792402.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792402.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73110458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,D5
Chr2:73110489 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B5,C24,C30,C51
Chr2:73110624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B9
Chr2:73110742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:73110743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:73110861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B125
Chr2:73110894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B9
Chr2:73110918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B81,C54,C74
Chr2:73110951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B5,C30
Chr2:73111083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:73111365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C69
Chr2:73111553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B17,B48,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792402.1
768 aa
N
1
384
768
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
C
PF01535 PPR 79-106 aa PF12854 PPR_1 105-134 aa PF13041 PPR_2 105-150 aa PF13812 PPR_3 106-150 aa PF01535 PPR 108-138 aa PF01535 PPR 180-205 aa PF13041 PPR_2 206-252 aa PF01535 PPR 209-238 aa PF01535 PPR 278-300 aa PF01535 PPR 308-334 aa PF01535 PPR 477-494 aa PF13041 PPR_2 536-583 aa PF01535 PPR 539-566 aa PF01535 PPR 611-640 aa PF01535 PPR 641-670 aa PF13812 PPR_3 665-718 aa PF01535 PPR 676-703 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 79 106 2.9e-74 241.0 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 105 134 7.1e-41 138.3 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 105 150 1e-82 272.8 PPR repeat family
XP_057792402.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 106 150 8.6e-25 87.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 108 138 2.9e-74 241.0 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 180 205 2.9e-74 241.0 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 206 252 1e-82 272.8 PPR repeat family
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 209 238 2.9e-74 241.0 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 278 300 2.9e-74 241.0 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 308 334 2.9e-74 241.0 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 477 494 2.9e-74 241.0 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 536 583 1e-82 272.8 PPR repeat family
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 539 566 2.9e-74 241.0 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 611 640 2.9e-74 241.0 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 641 670 2.9e-74 241.0 PPR repeat
XP_057792402.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 665 718 8.6e-25 87.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792402.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 676 703 2.9e-74 241.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936419.1
CAACATCCAAACATTTATCCAAAAAAGCGTTCAATAAAGAAAAGAAACGTTTTCTTCTTAAAAAAAAAAAAAGAAACAAATTTCCCTTCGAATAAAAACTAAGGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTCAGGCTTCAGCCGCCGCCGCCCCCCTACGCCGGTTAATTTCCGGTTGGGGCATGAGAAAAATTGCATCCATATTTCCCAAATCCTATCAACACTCCACCGCGACGCACAATCCCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009175
ATGAGAAAAATTGCATCCATATTTCCCAAATCCTATCAACACTCCACCGCGACGCACAATCCCACTCAGAAGCTTCCTTTCTCAACCAGCTCTAATGGACAATACATCGAACACCATACCTACATTCCCTTGCTCCACGACCCCACAAGAATCCGCTCGCTCGAAGACGCGAAGCGCCTTCACGCACTCTCCATCACTCTGGGATCCTTCCCGACGCAGCAGCCCGTCTTCCTCCACAACAGCCTCATCGCCAAGTACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792402.1
MRKIASIFPKSYQHSTATHNPTQKLPFSTSSNGQYIEHHTYIPLLHDPTRIRSLEDAKRLHALSITLGSFPTQQPVFLHNSLIAKYAALGEASTARKVFDEMPHRNVVTYNSMISSYARDGLLPEALLLFSEMRKRGFKPTEFTFGGLLSCRWMDVSEGMQLQALIEKSGLFHVDAFAGTALMGMYARHGCLDEALGIFEFMPVKNSATWNTVISVLCQMGCVQDCVLMFSEMMKCGVGLSESTFVSILSCLQGVDLFLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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