Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005183`

染色体: Chr02 坐标: 73131878-73133462 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005183`
名称	SmilChr02G005183
描述	transcription factor TCP4-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	73131878 - 73133462 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009176`
GeneID	`131009176`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009176`
原始查询	`SmilChr02G005183`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor TCP4-like
产物	transcription factor TCP4-like
Arabidopsis	`AT2G31070` (TCP10) TCP domain protein 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817659] identity=44.9; qcov=0.805; evalue=3.14e-47; confidence=medium
Rice	`Os01g0213800` (OsPCF5) - identity=53.3; qcov=0.563; evalue=3.69e-42; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:2000032 (regulation of secondary shoot formation)
KEGG	-
Pfam	PF03634 (TCP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009176

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792403.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792403.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792403.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792403.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792403.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:73132319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B118,B65
`Chr2:73132374`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B75,B82
`Chr2:73132377`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:73132413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr2:73132500`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C67
`Chr2:73132501`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr2:73132515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B75,B82,D11
`Chr2:73132517`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	B100,B102,B19,B57,B65,B68,B93,C10,C13,C24,C3,C41,C79
`Chr2:73132521`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	B100,B102,B19,B57,B65,B68,B93,C10,C13,C24,C3,C41,C79
`Chr2:73132530`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B41,B69
`Chr2:73132530`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B41,B69
`Chr2:73132533`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B41,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792403.1

293 aa

146

293

TCP

PF03634 TCP 24-138 aa

XP_057792404.1

293 aa

146

293

TCP

PF03634 TCP 24-138 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792403.1`	Pfam	`PF03634`	TCP	Family	24	138	1.1e-32	114.4	TCP family transcription factor
`XP_057792404.1`	Pfam	`PF03634`	TCP	Family	24	138	1.1e-32	114.4	TCP family transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936420.1
ATCAGCTCATAATTAAAAAAGCACACACATCACAAACTGCGAGAAGTGTAGAGGTAGCTCCCACCTACTGTTCCATTCATTTCTCTTCCAACTCAAATCAAACCCTCTCCCAAAATTAAATTCAATCCTCTCTTCTATAAATCAATCTCAGCAATCTTTCCGCCGTCCCTTTTCGGGATCTTCATCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCAGAGATTTTCTTTTGCAGCTGGCAGCCTATATTCTGCAAACTAACGTCAC...

XM_057936421.1
ATCAGCTCATAATTAAAAAAGCACACACATCACAAACTGCGAGAAGTGTAGAGGTAGCTCCCACCTACTGTTCCATTCATTTCTCTTCCAACTCAAATCAAACCCTCTCCCAAAATTAAATTCAATCCTCTCTTCTATAAATCAATCTCAGCAATCTTTCCGCCGTCCCTTTTCGGGATCTTCATCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCAGAGATTTTCTTTTGCAGCTGGCAGCCTATATTCTGCAAACTAACGTCAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131009176
ATGAAAGGTGCAGCGCAAGGCGGCGGCGAGATCGTGCAGGTCGACGGCGGCCAGATTCTCCGCGCCACCGGCCGGAAGGACCGCCACAGCAAGGTCTACACGGCCAAGGGGCCGAGGGACCGCCGCGTGCGCCTCTCGGCCCACACGGCCATCCAGTTCTACGACGTCCAGGACCGGCTCGGCTACGACCGGCCGAGCAAGGCCGTCGACTGGCTCATCAAGAAGGCCAAGGCCGCCATCGACCGGCTCAACGAGCTGCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057792403.1
MKGAAQGGGEIVQVDGGQILRATGRKDRHSKVYTAKGPRDRRVRLSAHTAIQFYDVQDRLGYDRPSKAVDWLIKKAKAAIDRLNELPPQPVGWGGGAPTPESNPSSNDLALEQSQSQSQVVCEYDFADNNNNNNSNNNSGSFMAGAGAGADLMNTMKSLFPTSSFAGFDNDPCQDSSFQTRDLGLSLQTFQADHHRQENSNIPIHGSFHRIDGWNGGGGGGSGGGGAIFGQGLPFSQRELLQSNTAVNPWNQRPLISANH...

XP_057792404.1
MKGAAQGGGEIVQVDGGQILRATGRKDRHSKVYTAKGPRDRRVRLSAHTAIQFYDVQDRLGYDRPSKAVDWLIKKAKAAIDRLNELPPQPVGWGGGAPTPESNPSSNDLALEQSQSQSQVVCEYDFADNNNNNNSNNNSGSFMAGAGAGADLMNTMKSLFPTSSFAGFDNDPCQDSSFQTRDLGLSLQTFQADHHRQENSNIPIHGSFHRIDGWNGGGGGGSGGGGAIFGQGLPFSQRELLQSNTAVNPWNQRPLISANH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器