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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005185

染色体: Chr02 坐标: 73167891-73170879 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005185
名称SmilChr02G005185
描述uncharacterized SmilChr02G005185
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73167891 - 73170879 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009178
GeneID131009178
locus_tag-
NCBI NameLOC131009178
原始查询SmilChr02G005185

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824980]; symbol=AT3G58110; hit=AT3G58110; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824980]; symbol=AT3G58110; hit=AT3G58110; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G58110 (AT3G58110)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824980]
identity=35.2; qcov=0.987; evalue=1.07e-103; confidence=medium
RiceOs06g0538200
-
identity=26.3; qcov=0.441; evalue=9.57e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009178

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792407.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792407.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792407.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792407.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057792407.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73168178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B118,B65
Chr2:73168422 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr2:73168522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B113
Chr2:73168628 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr2:73168651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B113
Chr2:73168776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr2:73168779 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B131
Chr2:73168779 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B131
Chr2:73168880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,C49,C79,C80
Chr2:73169008 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C79
Chr2:73169008 A ACG 2bp_insertion CDS_variant 1 C79
Chr2:73169009 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936424.1
CGTTCCTAAAATAAAAATGGGACAATTATTACATCTTCTTTGTGACATTCTTAAATGGTAGTCGTTTACATACATTAAATCCAAAAAAAAACCCCCTCAATTCTGGTGCGATTCTTCCCCAAAAGCGAGAGCTCAGTCTATCAATTTGCAGTAAAGCCGAAGCGGCAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGCGTGGGAGAGGTCGAAGAGAGATAAGCCATGTCAGATCCCTCCTCCTCCCCGCCACAACAAGACCCCCTTCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009178
ATGTCAGATCCCTCCTCCTCCCCGCCACAACAAGACCCCCTTCAATCCGACGCCGTTTCTGGAGCATTGTCCTCGCCTCTCAACGAGGAAACCCCAATCCTCCTGCCCGACCCGGAAACCGCCCCTCCGGCGGCGGCCATCCCCGATCCGACGGAGGACAACAGCCCCGGAGAAGAGGACGACGACGACGAAGAGGGAGAAGAAGCCGACGAGGAAGCCTCTGCTGTTCCGTCAGCCATGGATCTCCGCATTGAGCCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792407.1
MSDPSSSPPQQDPLQSDAVSGALSSPLNEETPILLPDPETAPPAAAIPDPTEDNSPGEEDDDDEEGEEADEEASAVPSAMDLRIEPPITDPHVTLASPTSRRGGSKRKKGKGKGKAKPNSKRMQAINEKLQNLRSNLNPVPFIPHKILDFVNHEKLLKKLGLWEFVHIDFDRNIRVDLIAELVANYNPKLRKSYVNEFTVKVNRADLARALNLKLWKKEKGGNAGGGVEVDLDCEVLSDDLIGFIVGFVSDWVLLHEDTW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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