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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005186

染色体: Chr02 坐标: 73172860-73175859 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005186
名称SmilChr02G005186
描述basic leucine zipper 61-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73172860 - 73175859 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009179
GeneID131009179
locus_tag-
NCBI NameLOC131009179
原始查询SmilChr02G005186

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述basic leucine zipper 61-like
产物basic leucine zipper 61-like
ArabidopsisAT3G58120 (BZIP61)
Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824981]
identity=51.4; qcov=1.1; evalue=7.31e-107; confidence=high
RiceOs01g0756200 (OsbZIP06)
-
identity=50.5; qcov=0.889; evalue=2.19e-76; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00170 (bZIP_1); PF03131 (bZIP_Maf); PF07716 (bZIP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009179

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792408.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792408.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792408.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792408.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057792408.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73175225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,C79
Chr2:73175252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:73175301 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C7
Chr2:73175301 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C7
Chr2:73175303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B26,B65,D10
Chr2:73175332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr2:73175390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B2,B98
Chr2:73175401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr2:73175452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B19
Chr2:73175480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B65,D10
Chr2:73175501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B61,B63,C48,C85
Chr2:73175525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792408.1
323 aa
N
1
162
323
bZIP_Maf
bZIP_2
bZIP_1
C
PF03131 bZIP_Maf 188-249 aa PF07716 bZIP_2 196-243 aa PF00170 bZIP_1 198-245 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792408.1 Pfam PF03131 bZIP_Maf Coiled-coil 188 249 5.3e-05 24.4 bZIP Maf transcription factor
XP_057792408.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 196 243 3e-08 34.3 Basic region leucine zipper
XP_057792408.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 198 245 1.7e-09 38.3 bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936425.1
ATGATGATGTTCTTGTGGCTATCTTCTTTTCTTGAAATATATAAAGAAGTGTTAGAAAATGAAATATTTTCCTTTTTGCATGTGGTTTTTGTGTATATATAAGGCCTCTTATGTTGACATGTTGTAGTTTGGCCTTAGCATTATTATTTCCTTGGCTTGGTGTCATCATGGCTCAATTACCTCCCAAAGTGCCTACCATCACCCCCAATTGGGCTGACTTCCCCCACCAAAAAATGGAGGGTTTGTCCATCAGCAACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009179
ATGTTGACATGTTGTAGTTTGGCCTTAGCATTATTATTTCCTTGGCTTGGTGTCATCATGGCTCAATTACCTCCCAAAGTGCCTACCATCACCCCCAATTGGGCTGACTTCCCCCACCAAAAAATGGAGGGTTTGTCCATCAGCAACCACCACAACCACCCGATGTGGGTCGACGAGTTCCTCGACTTCTCGTCGACCCGCCGCGGGTCCCACAGGAGATCGATGAGCGACTCCATCGCCTTCCTCGAGGCCCCCATGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792408.1
MLTCCSLALALLFPWLGVIMAQLPPKVPTITPNWADFPHQKMEGLSISNHHNHPMWVDEFLDFSSTRRGSHRRSMSDSIAFLEAPMAEECRRSSNSSAIDESAAAAAVDYHHRGGGGGGEGFEGFDDDQLMSMFNDDVAGASNPSSPSDHNSNNDGPSPQVHPKSEPEEDDGSCKSDGLNGLYATATDNSGERIADPKRIKRILANRQSAQRSRVRKLQYISELERSVTSLQAEVSVLSPRVAYLDHQRLVLNVDNSVLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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