当前解析结果
SmilChr02G005188| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005188 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005188 |
| 描述 | glucosidase 2 subunit beta |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 73184495 - 73187202 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009181 |
|---|---|
| GeneID | 131009181 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009181 |
| 原始查询 | SmilChr02G005188 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glucosidase 2 subunit beta |
| 产物 | glucosidase 2 subunit beta |
| Arabidopsis | AT2G42390 (AT2G42390)kinase C substrate, heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818840] identity=71.3; qcov=0.685; evalue=2.41e-63; confidence=high |
| Rice | Os01g0276800 (Gas2)- identity=60.3; qcov=0.652; evalue=2.31e-47; confidence=medium |
| GO | GO:0006491 (N-glycan processing); GO:0017177 (glucosidase II complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12999 (PRKCSH-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009181 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.80000 | XP_057792410.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057792412.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057792410.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum lumen | 内质网腔 | 0.20000 | XP_057792412.1 |
| 5 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057792410.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:73185028 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,B82 |
Chr2:73186769 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B34,C35 |
Chr2:73187028 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792410.1PF12999
PRKCSH-like 34-174 aa
XP_057792411.1PF12999
PRKCSH-like 34-174 aa
XP_057792412.1PF12999
PRKCSH-like 34-174 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792410.1 |
Pfam | PF12999 |
PRKCSH-like | Family | 34 | 174 | 1.8e-31 | 110.0 | Glucosidase II beta subunit-like |
XP_057792411.1 |
Pfam | PF12999 |
PRKCSH-like | Family | 34 | 174 | 1.8e-31 | 110.0 | Glucosidase II beta subunit-like |
XP_057792412.1 |
Pfam | PF12999 |
PRKCSH-like | Family | 34 | 174 | 2.7e-31 | 109.5 | Glucosidase II beta subunit-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。