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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005188

染色体: Chr02 坐标: 73184495-73187202 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005188
名称SmilChr02G005188
描述glucosidase 2 subunit beta
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73184495 - 73187202 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009181
GeneID131009181
locus_tag-
NCBI NameLOC131009181
原始查询SmilChr02G005188

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glucosidase 2 subunit beta
产物glucosidase 2 subunit beta
ArabidopsisAT2G42390 (AT2G42390)
kinase C substrate, heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818840]
identity=71.3; qcov=0.685; evalue=2.41e-63; confidence=high
RiceOs01g0276800 (Gas2)
-
identity=60.3; qcov=0.652; evalue=2.31e-47; confidence=medium
GOGO:0006491 (N-glycan processing); GO:0017177 (glucosidase II complex)
KEGG-
PfamPF12999 (PRKCSH-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009181

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057792410.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057792412.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057792410.1
4 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.20000 XP_057792412.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057792410.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73185028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,B82
Chr2:73186769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C35
Chr2:73187028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792410.1
206 aa
N
1
103
206
PRKCSH-like
C
PF12999 PRKCSH-like 34-174 aa
XP_057792411.1
206 aa
N
1
103
206
PRKCSH-like
C
PF12999 PRKCSH-like 34-174 aa
XP_057792412.1
178 aa
N
1
89
178
PRKCSH-like
C
PF12999 PRKCSH-like 34-174 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792410.1 Pfam PF12999 PRKCSH-like Family 34 174 1.8e-31 110.0 Glucosidase II beta subunit-like
XP_057792411.1 Pfam PF12999 PRKCSH-like Family 34 174 1.8e-31 110.0 Glucosidase II beta subunit-like
XP_057792412.1 Pfam PF12999 PRKCSH-like Family 34 174 2.7e-31 109.5 Glucosidase II beta subunit-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936429.1
GGAACGGCTCAAAAAGAAATACTACGTTCCGCTTTGTTGAGACGGAGGGAGTAATAAATACTACTACAATTGTGGTGGGAAATGGAGGTGCTGCTGCGGGCGAAAATGGCGATGACTCTCGCTCTCATCACTTGTTTGTACGTTTTTCTCCACTTCCACCACTCCTATTCCTCTCCTTCTCGCCCACTCACCGGAGTCCATCCTCTAGATGTCAAGTACTACGATGCGGAGCTGATCAAGTGCAAAGATGGATCGAAATC...
XM_057936427.1
GGGAGTAATAAATACTACTACAATTGTGGTGGGAAATGGAGGTGCTGCTGCGGGCGAAAATGGCGATGACTCTCGCTCTCATCACTTGTTTGTACGTTTTTCTCCACTTCCACCACTCCTATTCCTCTCCTTCTCGCCCACTCACCGGAGTCCATCCTCTAGATGTCAAGTACTACGATGCGGAGCTGATCAAGTGCAAAGATGGATCGAAATCCTTCGCCAGAGATCGTCTCAACGACGATTTCTGCGATTGCGTTGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131009181
ATGGAGGTGCTGCTGCGGGCGAAAATGGCGATGACTCTCGCTCTCATCACTTGTTTGTACGTTTTTCTCCACTTCCACCACTCCTATTCCTCTCCTTCTCGCCCACTCACCGGAGTCCATCCTCTAGATGTCAAGTACTACGATGCGGAGCTGATCAAGTGCAAAGATGGATCGAAATCCTTCGCCAGAGATCGTCTCAACGACGATTTCTGCGATTGCGTTGATGGCACTGATGAGCCCGGAACTTCTGCATGTCCAGC...
LOC131009181
ATGGAGGTGCTGCTGCGGGCGAAAATGGCGATGACTCTCGCTCTCATCACTTGTTTGTACGTTTTTCTCCACTTCCACCACTCCTATTCCTCTCCTTCTCGCCCACTCACCGGAGTCCATCCTCTAGATGTCAAGTACTACGATGCGGAGCTGATCAAGTGCAAAGATGGATCGAAATCCTTCGCCAGAGATCGTCTCAACGACGATTTCTGCGATTGCGTTGATGGCACTGATGAGCCCGGAACTTCTGCATGTCCAGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057792410.1
MEVLLRAKMAMTLALITCLYVFLHFHHSYSSPSRPLTGVHPLDVKYYDAELIKCKDGSKSFARDRLNDDFCDCVDGTDEPGTSACPAGKFYCKNIGSTPKFLFSSRVNDQICDCCDGSDEYDGTAICPNTCIMGGNIAYKKLEYNSESNLDSVNSRKTNAGIKMEDSSQKLKKGLKSLVYLQVGLVIFVMAFCLFRHRKPRRRHFR
XP_057792411.1
MEVLLRAKMAMTLALITCLYVFLHFHHSYSSPSRPLTGVHPLDVKYYDAELIKCKDGSKSFARDRLNDDFCDCVDGTDEPGTSACPAGKFYCKNIGSTPKFLFSSRVNDQICDCCDGSDEYDGTAICPNTCIMGGNIAYKKLEYNSESNLDSVNSRKTNAGIKMEDSSQKLKKGLKSLVYLQVGLVIFVMAFCLFRHRKPRRRHFR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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