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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005189

染色体: Chr02 坐标: 73189492-73196239 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005189
名称SmilChr02G005189
描述OPA3-like protein
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73189492 - 73196239 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009183
GeneID131009183
locus_tag-
NCBI NameLOC131009183
原始查询SmilChr02G005189

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OPA3-like protein
产物OPA3-like protein
ArabidopsisAT1G28510 (AT1G28510)
Optic atrophy 3 protein (OPA3) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839751]
identity=65.4; qcov=0.912; evalue=3.59e-72; confidence=high
RiceOs01g0242300
-
identity=64.6; qcov=0.959; evalue=3.57e-71; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0019216 (regulation of lipid metabolic process)
KEGG-
PfamPF07047 (OPA3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009183

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792414.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057792414.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057792414.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792414.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792414.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73193710 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C72,C79,D10
Chr2:73193711 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 56 A11,A15,A21,A24,A5,B106,B107,B109,B112,B114,B115,B118,B128,B131,B137,B15,B21,B34,B35,B4,B41,B44,B45,B5,B50,B51,B55,B56,B58,B6,B66,B71,B78,B86,B88,B89,B9,B91,B96,C10,C15,C19,C21,C23,C26,C30,C34,C45,C46,C47,C55,C58,C63,C77,C79,C8
Chr2:73193762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B125,C11,C4,C69
Chr2:73193776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B28,C3,D9
Chr2:73193780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr2:73193809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr2:73193859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:73194148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr2:73194444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792414.1
171 aa
N
1
86
171
OPA3
C
PF07047 OPA3 6-126 aa
XP_057792415.1
171 aa
N
1
86
171
OPA3
C
PF07047 OPA3 6-126 aa
XP_057792416.1
171 aa
N
1
86
171
OPA3
C
PF07047 OPA3 6-126 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792414.1 Pfam PF07047 OPA3 Family 6 126 1.9e-44 151.1 Optic atrophy 3 protein (OPA3)
XP_057792415.1 Pfam PF07047 OPA3 Family 6 126 1.9e-44 151.1 Optic atrophy 3 protein (OPA3)
XP_057792416.1 Pfam PF07047 OPA3 Family 6 126 1.9e-44 151.1 Optic atrophy 3 protein (OPA3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936433.1
AGTTTCCATGTGATTTTTGAAATACCGATTTTGGAAAAGTGTTAAACATTCATAAATGTAAAACCTTATTCCCAACTCGATTTAAAGCATTTGGGTGTTGAAATGTCGCTTTCTTTCTTTACTTCTGTTAATAAAGTGGAAATGCCAAATTCTTAGTGAGGCAAAACATCAAACACCTGGTGTTCGACACAGCTTAGTGGAATGATTTTGCCGGTTTTCAAGCTCGGGACGCTTGCGCTGAAAACACTCTGCAAACCCAT...
XM_057936432.1
AGTTTCCATGTGATTTTTGAAATACCGATTTTGGAAAAGTGTTAAACATTCATAAATGTAAAACCTTATTCCCAACTCGATTTAAAGCATTTGGGTGTTGAAATGTCGCTTTCTTTCTTTACTTCTGTTAATAAAGTGGAAATGCCAAATTCTTAGTGAGGCAAAACATCAAACACCTGGTGTTCGACACAGCTTAGTGGAATGATTTTGCCGGTTTTCAAGCTCGGGACGCTTGCGCTGAAAACACTCTGCAAACCCAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131009183
ATGATTTTGCCGGTTTTCAAGCTCGGGACGCTTGCGCTGAAAACACTCTGCAAACCCATCGGAAATCGCATAAAGAAAGAGGCCGGATTGCACCCCAGATTCCGGCAATCCATCATCAACATTGCTCAGGCTAACCATCGCTTCACCACAACTTTGCAAAGGCGTATATATGGGCGTGCAACAGATGTCGAAATTCGTCCTCTAAATGAAGAAAAAGCTGTTCAAGCTGCTGCAGACCTTGTGGGCGAGTTTTTCGTGTT...
LOC131009183
ATGATTTTGCCGGTTTTCAAGCTCGGGACGCTTGCGCTGAAAACACTCTGCAAACCCATCGGAAATCGCATAAAGAAAGAGGCCGGATTGCACCCCAGATTCCGGCAATCCATCATCAACATTGCTCAGGCTAACCATCGCTTCACCACAACTTTGCAAAGGCGTATATATGGGCGTGCAACAGATGTCGAAATTCGTCCTCTAAATGAAGAAAAAGCTGTTCAAGCTGCTGCAGACCTTGTGGGCGAGTTTTTCGTGTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057792414.1
MILPVFKLGTLALKTLCKPIGNRIKKEAGLHPRFRQSIINIAQANHRFTTTLQRRIYGRATDVEIRPLNEEKAVQAAADLVGEFFVFTVAGVALIFEVQRSSRSEARKEEMRKQELEVLRQQDEELVKELEQLKRRMLEVEQLVKERGMSSVFNLRHAKETDDKPKDARSP
XP_057792415.1
MILPVFKLGTLALKTLCKPIGNRIKKEAGLHPRFRQSIINIAQANHRFTTTLQRRIYGRATDVEIRPLNEEKAVQAAADLVGEFFVFTVAGVALIFEVQRSSRSEARKEEMRKQELEVLRQQDEELVKELEQLKRRMLEVEQLVKERGMSSVFNLRHAKETDDKPKDARSP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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