当前解析结果
SmilChr02G005195| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005195 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005195 |
| 描述 | prohibitin-1, mitochondrial-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 73211862 - 73215804 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009187 |
|---|---|
| GeneID | 131009187 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009187 |
| 原始查询 | SmilChr02G005195 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | prohibitin-1, mitochondrial-like |
| 产物 | prohibitin-1%2C mitochondrial-like |
| Arabidopsis | AT2G20530 (PHB6)prohibitin 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816575] identity=75.5; qcov=1; evalue=1.13e-156; confidence=high |
| Rice | Os03g0841700- identity=75.9; qcov=1; evalue=7.75e-163; confidence=high |
| GO | GO:0005739 (mitochondrion); GO:0007005 (mitochondrion organization); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01145 (Band_7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009187 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.80000 | XP_057792420.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.80000 | XP_057792420.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.80000 | XP_057792420.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057792420.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792420.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:73213023 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B34,C35 |
Chr2:73213105 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr2:73215118 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr2:73215375 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr2:73215432 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792420.1PF01145
Band_7 40-217 aa
XP_057792421.1PF01145
Band_7 40-217 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792420.1 |
Pfam | PF01145 |
Band_7 | Domain | 40 | 217 | 1.1e-29 | 104.4 | SPFH domain / Band 7 family |
XP_057792421.1 |
Pfam | PF01145 |
Band_7 | Domain | 40 | 217 | 1.1e-29 | 104.4 | SPFH domain / Band 7 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。