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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005198

染色体: Chr02 坐标: 73248503-73250639 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005198
名称SmilChr02G005198
描述uncharacterized SmilChr02G005198
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73248503 - 73250639 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009298
GeneID131009298
locus_tag-
NCBI NameLOC131009298
原始查询SmilChr02G005198

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834440]; symbol=AT5G44170; hit=AT5G44170; species=arabidopsis; confidence=high
产物S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834440]; symbol=AT5G44170; hit=AT5G44170; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G44170 (AT5G44170)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834440]
identity=66.5; qcov=1.01; evalue=8.56e-115; confidence=high
RiceOs05g0564100
-
identity=56.1; qcov=1; evalue=7.83e-73; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF08241 (Methyltransf_11); PF10294 (Methyltransf_16); PF13489 (Methyltransf_23)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009298

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792577.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792577.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057792577.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792577.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792577.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73248625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:73248822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B56,B70,B96,D5
Chr2:73249077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,C70
Chr2:73249103 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 14 A25,B107,B130,B14,B18,B22,B45,B53,B89,B92,C21,C26,C28,C51
Chr2:73249123 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B45,B92,C51
Chr2:73249143 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 A8
Chr2:73249143 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 1 A8
Chr2:73249247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792577.1
227 aa
N
1
114
227
Methyltransf_16
Methyltransf_23
Methyltransf_11
C
PF10294 Methyltransf_16 15-186 aa PF13489 Methyltransf_23 61-189 aa PF08241 Methyltransf_11 72-172 aa
XP_057792578.1
227 aa
N
1
114
227
Methyltransf_16
Methyltransf_23
Methyltransf_11
C
PF10294 Methyltransf_16 15-186 aa PF13489 Methyltransf_23 61-189 aa PF08241 Methyltransf_11 72-172 aa
XP_057792579.1
227 aa
N
1
114
227
Methyltransf_16
Methyltransf_23
Methyltransf_11
C
PF10294 Methyltransf_16 15-186 aa PF13489 Methyltransf_23 61-189 aa PF08241 Methyltransf_11 72-172 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792577.1 Pfam PF10294 Methyltransf_16 Family 15 186 5.3e-26 92.1 Lysine methyltransferase
XP_057792577.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 61 189 7.1e-08 33.0 Methyltransferase domain
XP_057792577.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 72 172 0.00015 23.1 Methyltransferase domain
XP_057792578.1 Pfam PF10294 Methyltransf_16 Family 15 186 5.3e-26 92.1 Lysine methyltransferase
XP_057792578.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 61 189 7.1e-08 33.0 Methyltransferase domain
XP_057792578.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 72 172 0.00015 23.1 Methyltransferase domain
XP_057792579.1 Pfam PF10294 Methyltransf_16 Family 15 186 5.3e-26 92.1 Lysine methyltransferase
XP_057792579.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 61 189 7.1e-08 33.0 Methyltransferase domain
XP_057792579.1 Pfam PF08241 Methyltransf_11 Domain 72 172 0.00015 23.1 Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936594.1
CAATAAGGAATTATAGAATCTCTCTCTCTCGTTCATCTTAAGAGAGAGAAACTCGCGAAAAAAAATAAAAATAAAAATAAAAATGAAATTCACGGACTCGCCGGTGATCGAGCTGAGCGTGCGGGACACGCGCCTCTCGTTCCAGCAGGACAACGGCTCGATGCACGTCGGCACCTCCGTGTGGCCCTGCTCCCTAGTCCTCGTCAAGTTCGCCGAGCGCTGGCACCCGCTAACGTGCGCCGCCGCCGAGAACCCCTACG...
XM_057936595.1
TAAGGAATTATAGAATCTCTCTCTCTCGTTCATCTTAAGAGAGAGAAACTCGCGAAAAAAAATAAAAATAAAAATAAAAATGAAATTCACGGACTCGCCGGTGATCGAGCTGAGCGTGCGGGACACGCGCCTCTCGTTCCAGCAGGACAACGGCTCGATGCACGTCGGCACCTCCGTGTGGCCCTGCTCCCTAGTCCTCGTCAAGTTCGCCGAGCGCTGGCACCCGCTAACGTGCGCCGCCGCCGAGAACCCCTACGCCG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131009298
ATGAAATTCACGGACTCGCCGGTGATCGAGCTGAGCGTGCGGGACACGCGCCTCTCGTTCCAGCAGGACAACGGCTCGATGCACGTCGGCACCTCCGTGTGGCCCTGCTCCCTAGTCCTCGTCAAGTTCGCCGAGCGCTGGCACCCGCTAACGTGCGCCGCCGCCGAGAACCCCTACGCCGCCCTCCTAGACTTTGCCGGCAAGCGCGGCGTCGAGCTCGGCGCCGGCTGCGGCGTCGCCTCCATGGGGCTCTACGCGCT...
LOC131009298
ATGAAATTCACGGACTCGCCGGTGATCGAGCTGAGCGTGCGGGACACGCGCCTCTCGTTCCAGCAGGACAACGGCTCGATGCACGTCGGCACCTCCGTGTGGCCCTGCTCCCTAGTCCTCGTCAAGTTCGCCGAGCGCTGGCACCCGCTAACGTGCGCCGCCGCCGAGAACCCCTACGCCGCCCTCCTAGACTTTGCCGGCAAGCGCGGCGTCGAGCTCGGCGCCGGCTGCGGCGTCGCCTCCATGGGGCTCTACGCGCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057792577.1
MKFTDSPVIELSVRDTRLSFQQDNGSMHVGTSVWPCSLVLVKFAERWHPLTCAAAENPYAALLDFAGKRGVELGAGCGVASMGLYALGLRDVVVTDIAPVMPALKRNLKRNKPALKKALKATQLYWGNEEQTNSLKPPFDFVVATDVVYLEETVAPLIGAMERLVADGGVVLLGYQLRSPEAHQLFWEMCGGVFEVEKIPHEHLHPDYAYEEADVYVFRKKRKETDC
XP_057792578.1
MKFTDSPVIELSVRDTRLSFQQDNGSMHVGTSVWPCSLVLVKFAERWHPLTCAAAENPYAALLDFAGKRGVELGAGCGVASMGLYALGLRDVVVTDIAPVMPALKRNLKRNKPALKKALKATQLYWGNEEQTNSLKPPFDFVVATDVVYLEETVAPLIGAMERLVADGGVVLLGYQLRSPEAHQLFWEMCGGVFEVEKIPHEHLHPDYAYEEADVYVFRKKRKETDC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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