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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005199

染色体: Chr02 坐标: 73253668-73257555 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005199
名称SmilChr02G005199
描述receptor-like protein kinase HSL1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73253668 - 73257555 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009194
GeneID131009194
locus_tag-
NCBI NameLOC131009194
原始查询SmilChr02G005199

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase HSL1
产物receptor-like protein kinase HSL1
ArabidopsisAT1G28440 (HSL1)
HAESA-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839742]
identity=60; qcov=0.956; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0239700
-
identity=56.1; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009194

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057792429.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792429.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792429.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792429.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792429.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73253899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr2:73253942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr2:73254048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B61,C55
Chr2:73254122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:73254167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:73254187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr2:73254188 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B56,B68,B96,D5
Chr2:73254305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B115
Chr2:73254374 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C11,C64,C66,C69
Chr2:73254410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B86,C5,D10
Chr2:73254428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B86,C5,D10
Chr2:73254473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792429.1
1001 aa
N
1
500
1001
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 42-74 aa PF13855 LRR_8 101-160 aa PF00560 LRR_1 126-148 aa PF23598 LRR_14 145-305 aa PF00560 LRR_1 151-171 aa PF00560 LRR_1 223-245 aa PF00560 LRR_1 247-266 aa PF00560 LRR_1 368-387 aa PF00560 LRR_1 463-485 aa PF00560 LRR_1 512-533 aa PF00560 LRR_1 536-557 aa PF00560 LRR_1 560-581 aa PF00560 LRR_1 582-602 aa PF00069 Pkinase 695-923 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 696-920 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792429.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 42 74 4.4e-05 24.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057792429.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 101 160 9.9e-38 128.4 Leucine rich repeat
XP_057792429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 126 148 1.5e-54 170.8 Leucine Rich Repeat
XP_057792429.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 145 305 1.4e-30 107.0 Leucine-rich repeat region
XP_057792429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 151 171 1.5e-54 170.8 Leucine Rich Repeat
XP_057792429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 223 245 1.5e-54 170.8 Leucine Rich Repeat
XP_057792429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 247 266 1.5e-54 170.8 Leucine Rich Repeat
XP_057792429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 368 387 1.5e-54 170.8 Leucine Rich Repeat
XP_057792429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 463 485 1.5e-54 170.8 Leucine Rich Repeat
XP_057792429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 512 533 1.5e-54 170.8 Leucine Rich Repeat
XP_057792429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 536 557 1.5e-54 170.8 Leucine Rich Repeat
XP_057792429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 560 581 1.5e-54 170.8 Leucine Rich Repeat
XP_057792429.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 582 602 1.5e-54 170.8 Leucine Rich Repeat
XP_057792429.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 695 923 9.3e-41 140.7 Protein kinase domain
XP_057792429.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 696 920 1.5e-37 130.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936446.1
AATCCCAAAACAAACACTTTCCTCATTTAATTCACCACCACCACCAAGATTCCAAACCCACAAATTTTCCCTCCATCATCAATTCACACACACACACACTCAACTGAAGCAAGAACCTTCTGTTCATCTTCTTGCATGAATCATCACCACCCCCACTGCTTCTCAGCCATGCAGCCGCCGACATCTTCTCTCTCTCCATTCTCGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTCCTCAATCCTCCACCCCTCTCTCGCTCTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009194
ATGAATCATCACCACCCCCACTGCTTCTCAGCCATGCAGCCGCCGACATCTTCTCTCTCTCCATTCTCGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTCCTCAATCCTCCACCCCTCTCTCGCTCTAAACCAAGAGGGCCAAATCCTGCTGGCGGCCAAGCTCCCCCTCCCCGGCTGGTCCGCCGCCGCCGCCACCCCCTGCAACTGGACCGGCGTCGCCTGCGACTCCCGCGGCTCCGTCGCCTCGCTCGCCCTCGACGGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792429.1
MNHHHPHCFSAMQPPTSSLSPFSLLLLLLLLSSILHPSLALNQEGQILLAAKLPLPGWSAAAATPCNWTGVACDSRGSVASLALDGASLAGSFPISLCSLPSLSNLSLSNNYLNSSLPAAISACRNLATLDLSQNLLVGPLPPSLSDLPFLRYLNLEGNSFSGEIPPSFGGFRRLETLILTENLLSGAIPAALGNITTLKKLVLAYNPFFQSPIPPELGNLTNLEELWLSDCSLTGSIPSSFGRLQRLRNLDLSDNVLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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