当前解析结果
SmilChr02G005202| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005202 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005202 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G005202 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 73286223 - 73287024 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009325 |
|---|---|
| GeneID | 131009325 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009325 |
| 原始查询 | SmilChr02G005202 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os10g0545600; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os10g0545600; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os10g0545600- identity=41.7; qcov=0.35; evalue=3.46e-06; confidence=low |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0036297 (interstrand cross-link repair); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009325 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057792607.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057792607.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057792607.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792607.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792607.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:73286779 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,B125 |
Chr2:73286850 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B132,B74,C81 |
Chr2:73286882 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B16 |
Chr2:73286922 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 10 | A5,B122,B25,B79,B89,C13,C30,C60,C63,C67 |
Chr2:73286976 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 19 | A21,B100,B106,B11,B13,B37,B44,B48,B53,B85,C17,C37,C43,C52,C54,C64,C66,C78,C87 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。