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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005202

染色体: Chr02 坐标: 73286223-73287024 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005202
名称SmilChr02G005202
描述uncharacterized SmilChr02G005202
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73286223 - 73287024 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009325
GeneID131009325
locus_tag-
NCBI NameLOC131009325
原始查询SmilChr02G005202

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os10g0545600; species=rice; confidence=low
产物hit=Os10g0545600; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs10g0545600
-
identity=41.7; qcov=0.35; evalue=3.46e-06; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0036297 (interstrand cross-link repair); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009325

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792607.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057792607.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057792607.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792607.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792607.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73286779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B125
Chr2:73286850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B74,C81
Chr2:73286882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B16
Chr2:73286922 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A5,B122,B25,B79,B89,C13,C30,C60,C63,C67
Chr2:73286976 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 19 A21,B100,B106,B11,B13,B37,B44,B48,B53,B85,C17,C37,C43,C52,C54,C64,C66,C78,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936624.1
TTACAACGGCGCCCCGGGAAAATGGACAGACTGAGGAAACATTTTGAAGATTATGACGATTGGTCAGAGTATCGTTACGTTAAAAGCTTAAATCTTATTATGCGATATGTAAGCGTCAATGGATGGTCAATCCCTGAAGAAGCCGAGAGCTCTGTCGAAGGCGAATGGAAAACTGAGAATGAGAAACCACCACCGCATGTCGAGCGGCAACAAAACGTAAGAGATACTAAAATTAAGTGTTTCTTCTGTATGAAATGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009325
ATGGACAGACTGAGGAAACATTTTGAAGATTATGACGATTGGTCAGAGTATCGTTACGTTAAAAGCTTAAATCTTATTATGCGATATGTAAGCGTCAATGGATGGTCAATCCCTGAAGAAGCCGAGAGCTCTGTCGAAGGCGAATGGAAAACTGAGAATGAGAAACCACCACCGCATGTCGAGCGGCAACAAAACGTAAGAGATACTAAAATTAAGTGTTTCTTCTGTATGAAATGGACCCAAACCGCCGGGGAGCACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792607.1
MDRLRKHFEDYDDWSEYRYVKSLNLIMRYVSVNGWSIPEEAESSVEGEWKTENEKPPPHVERQQNVRDTKIKCFFCMKWTQTAGEHQMSVLPCGIVFGYSCMKESLLTKKESCPMCGLNHSSWEATQLDITPEQMPE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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