当前解析结果
SmilChr02G005206| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005206 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005206 |
| 描述 | 60S ribosomal protein L23a-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 73300567 - 73302950 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009321 |
|---|---|
| GeneID | 131009321 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009321 |
| 原始查询 | SmilChr02G005206 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 60S ribosomal protein L23a-like |
| 产物 | 60S ribosomal protein L23a-like |
| Arabidopsis | AT3G55280 (RPL23AB)ribosomal protein L23AB [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824694] identity=86.5; qcov=1; evalue=1.15e-70; confidence=high |
| Rice | Os01g0348700 (OsRPL23A)- identity=79.5; qcov=1.01; evalue=2.42e-68; confidence=high |
| GO | GO:0000027 (ribosomal large subunit assembly); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0019843 (rRNA binding); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit) |
| KEGG | smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00276 (Ribosomal_L23); PF03939 (Ribosomal_L23eN) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009321 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057792602.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057792602.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792602.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792602.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792602.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792602.1PF03939
Ribosomal_L23eN 14-64 aa
PF00276
Ribosomal_L23 74-135 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792602.1 |
Pfam | PF03939 |
Ribosomal_L23eN | Family | 14 | 64 | 2.3e-18 | 66.7 | Ribosomal protein L23, N-terminal domain |
XP_057792602.1 |
Pfam | PF00276 |
Ribosomal_L23 | Family | 74 | 135 | 1.5e-13 | 51.7 | Ribosomal protein L23 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。