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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005226

染色体: Chr02 坐标: 73465722-73467789 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005226
名称SmilChr02G005226
描述reticulon-like protein B17
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73465722 - 73467789 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009241
GeneID131009241
locus_tag-
NCBI NameLOC131009241
原始查询SmilChr02G005226

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述reticulon-like protein B17
产物reticulon-like protein B17
ArabidopsisAT2G20590 (AT2G20590)
Reticulon family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816582]
identity=51.1; qcov=0.934; evalue=2.58e-109; confidence=high
RiceOs02g0302900
-
identity=43.8; qcov=0.628; evalue=7.99e-69; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02453 (Reticulon)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009241

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057792493.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.80000 XP_057792495.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057792493.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057792493.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792493.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73465895 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B65,B94
Chr2:73465906 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B16
Chr2:73465906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr2:73465945 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 26 A15,A25,A8,B1,B106,B109,B11,B121,B123,B14,B56,B58,B86,B91,B96,C17,C26,C30,C36,C42,C46,C52,C55,C7,C80,C87
Chr2:73466127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B101,C16,C45
Chr2:73466140 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr2:73466142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:73466451 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 51 A13,A16,A21,A25,A8,A9,B1,B105,B106,B109,B113,B121,B125,B128,B14,B16,B17,B32,B36,B37,B42,B43,B50,B52,B56,B58,B60,B70,B71,B85,B86,B91,B96,B97,C17,C19,C26,C30,C36,C37,C42,C43,C46,C52,C55,C57,C62,C7,C74,C80,C87
Chr2:73466713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C53
Chr2:73466718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr2:73466727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A7,B40,C46
Chr2:73466830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792493.1
429 aa
N
1
214
429
Reticulon
C
PF02453 Reticulon 180-337 aa
XP_057792494.1
428 aa
N
1
214
428
Reticulon
C
PF02453 Reticulon 179-336 aa
XP_057792495.1
426 aa
N
1
213
426
Reticulon
C
PF02453 Reticulon 180-334 aa
XP_057792496.1
425 aa
N
1
212
425
Reticulon
C
PF02453 Reticulon 179-333 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792493.1 Pfam PF02453 Reticulon Family 180 337 2.9e-28 99.5 Reticulon
XP_057792494.1 Pfam PF02453 Reticulon Family 179 336 2.9e-28 99.5 Reticulon
XP_057792495.1 Pfam PF02453 Reticulon Family 180 334 4.2e-28 99.0 Reticulon
XP_057792496.1 Pfam PF02453 Reticulon Family 179 333 4.2e-28 99.0 Reticulon

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936510.1
CTGAATACAAAAACCTTCTCAAAATCTCTTCTTCATCAGCAACAAAAAAAACCCCAAATTAATCATCAAAAACGCAACAAAAAATCAATGGATTCAACGCCGATCTCTCAGCCGTCGGAGCGCCGCACCAAATCCGCCTCGCGGCTGTCGAAGCTCCGCCACTACAGCGGCGGGGGAGCCATCCCTCAGCTCTCCCTCGAAATCGTCCCTTCGTCGCCCAAAATCTCGACTCCGTCGCCGTCGCCGGCATCGACTATCTC...
XM_057936513.1
ATCTCTTCTTCATCAGCAACAAAAAAAACCCCAAATTAATCATCAAAAACGCAACAAAAAATCAATGGATTCAACGCCGATCTCTCAGCCGTCGGAGCGCCGCACCAAATCCGCCTCGCGGCTGTCGAAGCTCCGCCACTACAGCGGCGGGGGAGCCATCCCTCAGCTCTCCCTCGAAATCGTCCCTTCGTCGCCCAAAATCTCGACTCCGTCGCCGTCGCCGGCATCGACTATCTCTCCCCCACCGCCTTACACTCTGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131009241
ATGGATTCAACGCCGATCTCTCAGCCGTCGGAGCGCCGCACCAAATCCGCCTCGCGGCTGTCGAAGCTCCGCCACTACAGCGGCGGGGGAGCCATCCCTCAGCTCTCCCTCGAAATCGTCCCTTCGTCGCCCAAAATCTCGACTCCGTCGCCGTCGCCGGCATCGACTATCTCTCCCCCACCGCCTTACACTCTGCAGCTGCAGGAGCTTCTCGCGCTCTCCCCCTCGCCTCTCAAGAGATCGAAAACCGCCGCCGCCGC...
LOC131009241
ATGGATTCAACGCCGATCTCTCAGCCGTCGGAGCGCCGCACCAAATCCGCCTCGCGGCTGTCGAAGCTCCGCCACTACAGCGGCGGGGGAGCCATCCCTCAGCTCTCCCTCGAAATCGTCCCTTCGTCGCCCAAAATCTCGACTCCGTCGCCGTCGCCGGCATCGACTATCTCTCCCCCACCGCCTTACACTCTGCAGCTGCAGGAGCTTCTCGCGCTCTCCCCCTCGCCTCTCAAGAGATCGAAAACCGCCGCCGCCGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057792493.1
MDSTPISQPSERRTKSASRLSKLRHYSGGGAIPQLSLEIVPSSPKISTPSPSPASTISPPPPYTLQLQELLALSPSPLKRSKTAAAAGDDSPLEVRKRCKSRASASGCGVSPRSGRRSRRRLDQDEREIAAGDEVLAKPRKKRQSRKEKLISSSSSQIVPSNKAIDSESYNLDEIGAIINDLVMWKDVSKSSLWFGFGTLCFLSSCFTKGVNFSIFSFLSQVGFLFLGISFMSNSVRQRLYREGAETTKRDFKLKEDDIL...
XP_057792494.1
MDSTPISQPSERRTKSASRLSKLRHYSGGGAIPQLSLEIVPSSPKISTPSPSPASTISPPPPYTLQLQELLALSPSPLKRSKTAAAAGDDSPLEVRKRCKSRASASGCGVSPRSGRRSRRRLDQDEREIAAGDEVLAKPRKKRQSRKEKLISSSSSQIVPSNTIDSESYNLDEIGAIINDLVMWKDVSKSSLWFGFGTLCFLSSCFTKGVNFSIFSFLSQVGFLFLGISFMSNSVRQRLYREGAETTKRDFKLKEDDILR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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