当前解析结果
SmilChr02G005235| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005235 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005235 |
| 描述 | protein ARABIDOPSIS THALIANA ANTHER 7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 73542925 - 73544663 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009327 |
|---|---|
| GeneID | 131009327 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009327 |
| 原始查询 | SmilChr02G005235 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ARABIDOPSIS THALIANA ANTHER 7-like |
| 产物 | protein ARABIDOPSIS THALIANA ANTHER 7-like |
| Arabidopsis | AT4G28395 (A7)Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828956] identity=40.6; qcov=0.856; evalue=1.33e-18; confidence=low |
| Rice | Os01g0822900 (OsLTP1.2)- identity=31.5; qcov=0.78; evalue=1.85e-07; confidence=low |
| GO | GO:0006869 (lipid transport); GO:0008289 (lipid binding); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009327 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.80000 | XP_057792609.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057792609.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792609.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792609.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792609.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:73544218 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C62 |
Chr2:73544417 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B28,B7,C38,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792609.1PF14368
LTP_2 23-103 aa
PF00234
Tryp_alpha_amyl 26-106 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792609.1 |
Pfam | PF14368 |
LTP_2 | Family | 23 | 103 | 8.9e-06 | 26.5 | Probable lipid transfer |
XP_057792609.1 |
Pfam | PF00234 |
Tryp_alpha_amyl | Domain | 26 | 106 | 3e-06 | 28.1 | Protease inhibitor/seed storage/LTP family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。