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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005235

染色体: Chr02 坐标: 73542925-73544663 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005235
名称SmilChr02G005235
描述protein ARABIDOPSIS THALIANA ANTHER 7-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73542925 - 73544663 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009327
GeneID131009327
locus_tag-
NCBI NameLOC131009327
原始查询SmilChr02G005235

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ARABIDOPSIS THALIANA ANTHER 7-like
产物protein ARABIDOPSIS THALIANA ANTHER 7-like
ArabidopsisAT4G28395 (A7)
Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828956]
identity=40.6; qcov=0.856; evalue=1.33e-18; confidence=low
RiceOs01g0822900 (OsLTP1.2)
-
identity=31.5; qcov=0.78; evalue=1.85e-07; confidence=low
GOGO:0006869 (lipid transport); GO:0008289 (lipid binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009327

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057792609.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057792609.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792609.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792609.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792609.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73544218 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C62
Chr2:73544417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B28,B7,C38,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792609.1
118 aa
N
1
59
118
LTP_2
Tryp_alpha_amyl
C
PF14368 LTP_2 23-103 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 26-106 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792609.1 Pfam PF14368 LTP_2 Family 23 103 8.9e-06 26.5 Probable lipid transfer
XP_057792609.1 Pfam PF00234 Tryp_alpha_amyl Domain 26 106 3e-06 28.1 Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936626.1
ATATTAAAATAGAATCTTGAATTCATACACAACCCTAAGCTTAGAAAATCAAGGTTAATTTCTCACTATATATACCCACACACACCAAATTCATTGTTCATCAATGTAATAAAAAGCTTATAATATATCACAACATGAGCCCTCTTGTTTTTCTCCTCACACTTGCACTCTCTTTTTCGAGACCAATCACAGCGTGGCATTGCAAAGGCTGCAAAGATGTGTTCGACAATTTTAGCCAATGTGCAGGTTTCATTGAAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009327
ATGAGCCCTCTTGTTTTTCTCCTCACACTTGCACTCTCTTTTTCGAGACCAATCACAGCGTGGCATTGCAAAGGCTGCAAAGATGTGTTCGACAATTTTAGCCAATGTGCAGGTTTCATTGAAGGCCAAGGCATCAATCCTACTCCAACTTGTTGCCAAAGCATAAGGAATTTGAATGCTATTGCGAAGCAAGAAATGGGTGGTTCGATTAGAATCTGCAAATGCATCGAGTATTTCGCGACTTATAAAGCGCGACATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792609.1
MSPLVFLLTLALSFSRPITAWHCKGCKDVFDNFSQCAGFIEGQGINPTPTCCQSIRNLNAIAKQEMGGSIRICKCIEYFATYKARHPFVTSRIHDLPLKCNERLSFPISEHMNCYRIV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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