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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005241

染色体: Chr02 坐标: 73577522-73580865 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005241
名称SmilChr02G005241
描述wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase 4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73577522 - 73580865 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009973
GeneID131009973
locus_tag-
NCBI NameLOC131009973
原始查询SmilChr02G005241

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase 4-like
产物wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase 4-like
ArabidopsisAT3G49190 (AT3G49190)
O-acyltransferase (WSD1-like) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824080]
identity=28.4; qcov=1.04; evalue=8.44e-55; confidence=low
RiceOs01g0681000
-
identity=28.8; qcov=1.04; evalue=8.41e-58; confidence=low
GOGO:0004144 (diacylglycerol O-acyltransferase activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0019432 (triglyceride biosynthetic process); GO:0047196 (long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03007 (WS_DGAT_cat); PF06974 (WS_DGAT_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009973

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057793352.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057793352.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793352.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793352.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793352.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73578037 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 6 A4,A5,B107,B89,C60,C67
Chr2:73578589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B80,C28,C38,C75
Chr2:73578750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr2:73578823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr2:73578840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,C12,C38
Chr2:73578846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B24
Chr2:73578870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B24
Chr2:73578874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B61,B80,C28,C38,C75
Chr2:73579464 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B24
Chr2:73579483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C77
Chr2:73579491 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C37
Chr2:73579508 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793352.1
464 aa
N
1
232
464
WS_DGAT_cat
WS_DGAT_C
C
PF03007 WS_DGAT_cat 70-259 aa PF06974 WS_DGAT_C 312-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793352.1 Pfam PF03007 WS_DGAT_cat Domain 70 259 3.7e-11 44.0 Wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase catalytic domain
XP_057793352.1 Pfam PF06974 WS_DGAT_C Domain 312 457 4.7e-38 131.2 WS/DGAT C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937369.1
ATTATGGAGGGTGAAGAAGAAGTGTTTGAGCCTATGAGCCCAACTGCTCAATACTTGAAGAGCTCTGCGTTATCACTCACAATTTTGGGAGTTATGGAAATGGAAGATGATATTGATGATTCCATCACCATGTCTTTCATTAAAGATATCTTCTTGTCTATAAACCCTCGTTTCTCCTCGATTATGGTTGCTGATAAGGATGGAGTGAGGAAATGGAAAAAGGTAGAGGTGAATCTCGAAGACCACGTCTACAAACCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009973
ATGGAGGGTGAAGAAGAAGTGTTTGAGCCTATGAGCCCAACTGCTCAATACTTGAAGAGCTCTGCGTTATCACTCACAATTTTGGGAGTTATGGAAATGGAAGATGATATTGATGATTCCATCACCATGTCTTTCATTAAAGATATCTTCTTGTCTATAAACCCTCGTTTCTCCTCGATTATGGTTGCTGATAAGGATGGAGTGAGGAAATGGAAAAAGGTAGAGGTGAATCTCGAAGACCACGTCTACAAACCGACTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793352.1
MEGEEEVFEPMSPTAQYLKSSALSLTILGVMEMEDDIDDSITMSFIKDIFLSINPRFSSIMVADKDGVRKWKKVEVNLEDHVYKPTFPSGMSVDYYNECFNDYLSKLATEQLPQDRSLWEIHILKYPTKNAAGNIISKLHHSLGDGYSLMGSLLTCLQRIDDPSLPLSFPPLQSSTGPRIRRNSFLRRVPRIFTGIVNTAYDFGWGLLKSTSMKDDKSPIRSGVDGVEFRRIATTTTSFSIDQLKQIKSKLNVTINDVVT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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