Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005242

染色体: Chr02 坐标: 73594646-73596086 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005242
名称SmilChr02G005242
描述leucine-rich repeat extensin-like protein 4
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73594646 - 73596086 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009255
GeneID131009255
locus_tag-
NCBI NameLOC131009255
原始查询SmilChr02G005242

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat extensin-like protein 4
产物leucine-rich repeat extensin-like protein 4
ArabidopsisAT4G28380 (AT4G28380)
Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828954]
identity=71.9; qcov=0.828; evalue=2.7e-177; confidence=high
RiceOs01g0594300 (P0451D05.14-2)
-
identity=58; qcov=0.795; evalue=5.8e-122; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009255

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057792515.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057792515.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792515.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792515.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792515.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73594851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,A7,B131,B64
Chr2:73594888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B104,B39,B81
Chr2:73594900 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 2 C43,C80
Chr2:73594900 CG C 1bp_deletion CDS_variant 2 C43,C80
Chr2:73594911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr2:73595157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr2:73595164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C53,C69
Chr2:73595175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B98,C55
Chr2:73595176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr2:73595367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B47,B68
Chr2:73595392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:73595508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792515.1
395 aa
N
1
198
395
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF13855 LRR_8 131-188 aa PF00560 LRR_1 133-152 aa PF00560 LRR_1 178-198 aa PF00560 LRR_1 273-295 aa PF00560 LRR_1 297-318 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792515.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 131 188 1.2e-16 60.9 Leucine rich repeat
XP_057792515.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 133 152 1.3e-16 57.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792515.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 178 198 1.3e-16 57.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792515.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 273 295 1.3e-16 57.9 Leucine Rich Repeat
XP_057792515.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 297 318 1.3e-16 57.9 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936532.1
ACACCAACACAATAAACCTAAGACACCTCCGATAAAGAAATTAATTTTTCATGATCTAATTACCCTAACTAATCAAAATGGCCTCAAACTCTCTTCCACTCTTTCTATCTCATGCCACATTCATCTTCCTACTCATGTCCACCACCTTTCTCAACCCTACAACCGCCAAGAACCGCCACGTGTCCCCGACGCCGGCCCTCCACCACCCCCATCCCCACCCCCGCAAGAATGCGACGGTTATTCGGCTCCGCCAGGCTTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009255
ATGGCCTCAAACTCTCTTCCACTCTTTCTATCTCATGCCACATTCATCTTCCTACTCATGTCCACCACCTTTCTCAACCCTACAACCGCCAAGAACCGCCACGTGTCCCCGACGCCGGCCCTCCACCACCCCCATCCCCACCCCCGCAAGAATGCGACGGTTATTCGGCTCCGCCAGGCTTATGACGCGCTCCAGTCCTGGAAGCGCGTCATCTATTCAGACCCGCGACAGTTAACCTCCAACTGGCGCGGGCCTGACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792515.1
MASNSLPLFLSHATFIFLLMSTTFLNPTTAKNRHVSPTPALHHPHPHPRKNATVIRLRQAYDALQSWKRVIYSDPRQLTSNWRGPDVCAYNGVYCAPHPNDTSVTTVAGIDLNHGDIAGFLPEALGLLSDLALLHLNSNRFCGVLPHSLSNLSLLFELDLSNNRFVGPFPAVVLGLPSLRYLDLRYNEFEGPLPPQLFNGNLDAIFVNNNRLTSVIPASLSSSSASVVVFANNRFGGCLPPTISKFADTLEELLLINTSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器