当前解析结果
SmilChr02G005246| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005246 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005246 |
| 描述 | early nodulin-like protein 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 73608614 - 73609997 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009279 |
|---|---|
| GeneID | 131009279 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009279 |
| 原始查询 | SmilChr02G005246 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 4 |
| 产物 | early nodulin-like protein 4 |
| Arabidopsis | AT4G32490 (ENODL4)early nodulin-like protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829384] identity=53.1; qcov=0.417; evalue=1.12e-44; confidence=low |
| Rice | Os01g0748150 (OsENODL1)- identity=46.8; qcov=0.446; evalue=1.81e-39; confidence=low |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009279 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057792552.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057792552.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792552.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792552.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792552.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:73608783 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B111,B40 |
Chr2:73608904 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr2:73608937 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr2:73608957 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B113,B123,C32,C68,C79 |
Chr2:73608973 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B88,C27 |
Chr2:73608979 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B42,B44,C55,C56,D10 |
Chr2:73609200 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B26,B30,B43,B45 |
Chr2:73609282 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr2:73609284 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr2:73609832 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C63 |
Chr2:73609832 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr2:73609866 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B102,B46,C62 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792552.1PF02298
Cu_bind_like 38-121 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792552.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 38 | 121 | 2.6e-20 | 72.9 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。