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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005246

染色体: Chr02 坐标: 73608614-73609997 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005246
名称SmilChr02G005246
描述early nodulin-like protein 4
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73608614 - 73609997 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009279
GeneID131009279
locus_tag-
NCBI NameLOC131009279
原始查询SmilChr02G005246

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 4
产物early nodulin-like protein 4
ArabidopsisAT4G32490 (ENODL4)
early nodulin-like protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829384]
identity=53.1; qcov=0.417; evalue=1.12e-44; confidence=low
RiceOs01g0748150 (OsENODL1)
-
identity=46.8; qcov=0.446; evalue=1.81e-39; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG-
PfamPF02298 (Cu_bind_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009279

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057792552.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057792552.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792552.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792552.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792552.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73608783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B111,B40
Chr2:73608904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr2:73608937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr2:73608957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B123,C32,C68,C79
Chr2:73608973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C27
Chr2:73608979 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B44,C55,C56,D10
Chr2:73609200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B30,B43,B45
Chr2:73609282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr2:73609284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr2:73609832 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C63
Chr2:73609832 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 C63
Chr2:73609866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B46,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792552.1
312 aa
N
1
156
312
Cu_bind_like
C
PF02298 Cu_bind_like 38-121 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792552.1 Pfam PF02298 Cu_bind_like Domain 38 121 2.6e-20 72.9 Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936569.1
TTTGCTATAGCAAAAATGGCAATTTGTGCATCTACGACCAGCTTGTTGCTCGTGTTCTTGATGGGATTCGTAGTATACTCGTCTCGTGCTCAAAATCACGTGTTTCACGTGGGCAAACACGATGGTTGGACGCTTTCACCCTCCGAAAGCTATAGTCATTGGGCTCAGAGAAATCGATTCCAAATCAATGATGAACTCGTTTTCAAGTATCCGAAGGGAAATGATTCTGTTCTTGTTGTGGGAGAAGATGACTACAACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009279
ATGGCAATTTGTGCATCTACGACCAGCTTGTTGCTCGTGTTCTTGATGGGATTCGTAGTATACTCGTCTCGTGCTCAAAATCACGTGTTTCACGTGGGCAAACACGATGGTTGGACGCTTTCACCCTCCGAAAGCTATAGTCATTGGGCTCAGAGAAATCGATTCCAAATCAATGATGAACTCGTTTTCAAGTATCCGAAGGGAAATGATTCTGTTCTTGTTGTGGGAGAAGATGACTACAACAAATGCAACAAAAAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792552.1
MAICASTTSLLLVFLMGFVVYSSRAQNHVFHVGKHDGWTLSPSESYSHWAQRNRFQINDELVFKYPKGNDSVLVVGEDDYNKCNKKSPIQTLIDGYSKFKFDRSGPFFFISGHDQNCEKGQKLIIVVLAAEHHRRSHPPSSAPSPSSPAKTPPHAPPSHSPSPAAYNPAPPLSHSPSPSPTPRTPTHAPPPHSPSPAHARPSHSPSPSPTAQTPTHAPPSHSPKPSPAAQTPTHAPPAHPPSSPPAPVSHQSPPPEAESP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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