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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005254

染色体: Chr02 坐标: 73660139-73662175 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005254
名称SmilChr02G005254
描述uncharacterized SmilChr02G005254
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73660139 - 73662175 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009324
GeneID131009324
locus_tag-
NCBI NameLOC131009324
原始查询SmilChr02G005254

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009324

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792606.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057792606.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057792606.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792606.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792606.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73660331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr2:73660337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A2,B100,B94
Chr2:73660352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B2,C60,D7
Chr2:73660409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B129,B137,D1
Chr2:73660445 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 108 A15,A16,A2,A20,A21,A24,A3,A6,A9,B1,B100,B104,B106,B107,B108,B109,B114,B12,B122,B123,B124,B128,B129,B132,B133,B137,B16,B17,B2,B25,B26,B38,B4,B42,B43,B45,B46,B49,B5,B51,B56,B58,B59,B60,B62,B64,B69,B7,B71,B73,B74,B75,B77,B81,B82,B85,B89,B91,B93,B94,B96,B98,C14,C15,C16,C17,C2,C22,C24,C26,C28,C30,C31,C34,C38,C39,C42,C45,C48,C53,C54,C55,C56,C57,C59,C60,C62,C67,C70,C71,C72,C73,C76,C78,C81,C82,C83,C84,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D5,D7,D8
Chr2:73660469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr2:73660579 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C39
Chr2:73660579 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 1 C39
Chr2:73660581 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C82
Chr2:73660581 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C82
Chr2:73660604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr2:73660671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B138,C13,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936623.1
ATAAAAAAAAAAAATCCTCTGTAATTCAGAAGAACATAAATCAAGAGTTATTTTGAATTAGCTATGTAACATGTACAAATTATCAAGTAGCATTACTTAATCCAACATAATTATCAAATTCTAACTCAAACAGAGCACGATAATAAATAAATAAATTTCAACGGTTATTGGAGTGCATAATGCACCTAATGAAAAACAATGTTGGAATTAATGATGATGAGGTTGCATATATCACATACAAAGTTTATTCTATTATTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009324
ATGATGTCCCGAAAAAGAAGAAACCCCGATTCCAGCCCGAATGTTCGAGCGGCTCGAAGATGTGGACATCGTTCATCATCTAGTTCATCGTCTGCCAATGACAATCGTTCGTGGTTCTGCCAGCAGCCACAGCAGTTGGAGCATCATTCACCGTCTAGTTCATCGTATGCCAATGACAATTGGTCGTGGTTTTGCCAGCAGCCGGCACATCAGTTGGATCATGACAATGTTAATCGTCTTATGCAACGACTCTCCTCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792606.1
MMSRKRRNPDSSPNVRAARRCGHRSSSSSSSANDNRSWFCQQPQQLEHHSPSSSSYANDNWSWFCQQPAHQLDHDNVNRLMQRLSSEFFGMLYVLLSEWGLDIPYSSLEPWSREVARYTLGLLYPNHPMYGLHGTFTFD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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