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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005264

染色体: Chr02 坐标: 73734651-73738574 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005264
名称SmilChr02G005264
描述mannan endo-1,4-beta-mannosidase 2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向73734651 - 73738574 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009240
GeneID131009240
locus_tag-
NCBI NameLOC131009240
原始查询SmilChr02G005264

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mannan endo-1,4-beta-mannosidase 2-like
产物mannan endo-1%2C4-beta-mannosidase 2-like
ArabidopsisAT2G20680 (MAN2)
Glycosyl hydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816596]
identity=71.6; qcov=0.945; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0746700 (MAN2)
-
identity=55.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0071704 (GO:0071704)
KEGGsmil00051 (Fructose and mannose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00150 (Cellulase); PF26410 (GH5_mannosidase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009240

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057792492.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057792492.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792492.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792492.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792492.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:73734912 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr2:73734963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr2:73735161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr2:73735269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B16,B90,B92,D11
Chr2:73735531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:73735601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B40
Chr2:73737579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792492.1
436 aa
N
1
218
436
GH5_mannosidase
Cellulase
C
PF26410 GH5_mannosidase 44-383 aa PF00150 Cellulase 57-380 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792492.1 Pfam PF26410 GH5_mannosidase Domain 44 383 2.6e-52 178.8 GH family 5 beta-mannosidase-like
XP_057792492.1 Pfam PF00150 Cellulase Domain 57 380 2e-11 44.6 Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936509.1
GACAAAAGGTAACAAGCCTAATTGAGAAATGGCCCATTAAATTATTTATTTTTATTTTTGGAAGGATGAGTGTATAATAATAATAATCATTATCAAATCTCAAGAAAAGTCTGAAATTATGATCCCAGATCTAATCTGGCAAATGCATTTGATACCAACATTCCACCTTCATCTTCATTAAACATTTTTTTTCTAAATTTCTTGCCAGTTTTGTATTGTATATATAAAGGTTGTTTTTTTTCCCCTAATTTCTCACTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009240
ATGGTTAAGAGCAAGATGTTTGGTGGGAATGGGGTGCTTTACCCCATTGTTGGCTTTGCATCATGTGTGGCTTTCATATACTTGTCTTTTGGGGATTTGTGGATCAACATTCATGGGGATGCAAAACTGAGCTTTGTGGAGAGGAATGGGACCCAGTTCATAGTTGATGGCAGGCCTTTCTATTTCAATGGGTGGAATTCTTACTGGATGATGGATCATGCTGCTGATGAGTTTAGGAGAGGGAAGGTTAGGCAGATGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792492.1
MVKSKMFGGNGVLYPIVGFASCVAFIYLSFGDLWINIHGDAKLSFVERNGTQFIVDGRPFYFNGWNSYWMMDHAADEFRRGKVRQMLQTGAKMGLTVCRTWAFNDGEYNALQITPGRFDERVFRALDYVIAESRRYGIRLMLCLVNNLQAYGGKTQYVKWAWEEGVGLSSSNDSFFYDPSIRRYFKHYVKTVLTRRNTLTGIEYRDDPTIFGWELINEPRCITDKSGDTLQDWIEEMSTFIKEIDRNHLLTVGLEGFYGP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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