Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005270`

染色体: Chr02 坐标: 73778442-73780547 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005270`
名称	SmilChr02G005270
描述	uncharacterized SmilChr02G005270
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	73778442 - 73780547 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009260`
GeneID	`131009260`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009260`
原始查询	`SmilChr02G005270`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	embryo defective 1923 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828936]; symbol=EMB1923; hit=AT4G28210; species=arabidopsis; confidence=high
产物	embryo defective 1923 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828936]; symbol=EMB1923; hit=AT4G28210; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G28210` (EMB1923) embryo defective 1923 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828936] identity=52.9; qcov=0.975; evalue=6.11e-114; confidence=high
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF25114 (AtTam38)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009260

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057792524.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057792524.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.40000	`XP_057792524.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792524.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792524.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:73778625`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr2:73778707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,B53,B98
`Chr2:73778942`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr2:73778957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr2:73778987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,B31
`Chr2:73779024`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr2:73779052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B51,C33,C42
`Chr2:73779127`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr2:73779215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,C33
`Chr2:73779279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr2:73780109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr2:73780123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792524.1

353 aa

176

353

AtTam38

PF25114 AtTam38 87-353 aa

XP_057792525.1

353 aa

176

353

AtTam38

PF25114 AtTam38 87-353 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792524.1`	Pfam	`PF25114`	AtTam38	Family	87	353	4.4e-137	456.4	AtTam38 family
`XP_057792525.1`	Pfam	`PF25114`	AtTam38	Family	87	353	4.4e-137	456.4	AtTam38 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936542.1
ATTCTTCCTTTCTTTTTCGAAATTAATTAAAAGCTTTAATAATATACCCTTTTGCCGGTTCTTCCAAAACCCCTATCCTTCATCGTCGTTACCAAATCATCAATGGCGAAATTCCGCATTCTCTGAAATTCCAGAACCCCTCAATCATGTCGACCACGCTCTCGACCCTCTTCTCCAAAACCCCAATTAAACTCTCCCCACCTAAAAATCCCTCTCGATTTCACCTCAGCAACAGCTCATTTCCGATAACATCCTCACCA...

XM_057936541.1
TAATTAAAAGCTTTAATAATATACCCTTTTGCCGGTTCTTCCAAAACCCCTATCCTTCATCGTCGTTACCAAATCATCAATGGCGAAATTCCGCATTCTCTGAAATTCCAGAACCCCTCAATCATGTCGACCACGCTCTCGACCCTCTTCTCCAAAACCCCAATTAAACTCTCCCCACCTAAAAATCCCTCTCGATTTCACCTCAGCAACAGCTCATTTCCGATAACATCCTCACCACCAACCAAAAAGGCGAAACCTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131009260
ATGTCGACCACGCTCTCGACCCTCTTCTCCAAAACCCCAATTAAACTCTCCCCACCTAAAAATCCCTCTCGATTTCACCTCAGCAACAGCTCATTTCCGATAACATCCTCACCACCAACCAAAAAGGCGAAACCTTTGAACAAACTCCAAATTTCCCACAGCTTTTACGGTTCATTCAAGAAATCCTTTAATGGGTTTCCGGTAGATAAAAATGGGTTTTTGGTAAAAGCCCAAAATGAAAGCGGCTCAGTTGATAACAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057792524.1
MSTTLSTLFSKTPIKLSPPKNPSRFHLSNSSFPITSSPPTKKAKPLNKLQISHSFYGSFKKSFNGFPVDKNGFLVKAQNESGSVDNSRNEETQIRGESSMPERFRYLTKEAPDKPVRWPFLIVLAFLLYAWRTVLWELSNWRKALGALTWFLGYISKLLLALVFLFIGDPLTSAIRLVETAFVSVRSFYSGVVAYAPIPELTLIIMLTSAVLAVAETASPDSVNSQPYLLTLAGLVGFAAVRNYITELFFWTLLVGMFCF...

XP_057792525.1
MSTTLSTLFSKTPIKLSPPKNPSRFHLSNSSFPITSSPPTKKAKPLNKLQISHSFYGSFKKSFNGFPVDKNGFLVKAQNESGSVDNSRNEETQIRGESSMPERFRYLTKEAPDKPVRWPFLIVLAFLLYAWRTVLWELSNWRKALGALTWFLGYISKLLLALVFLFIGDPLTSAIRLVETAFVSVRSFYSGVVAYAPIPELTLIIMLTSAVLAVAETASPDSVNSQPYLLTLAGLVGFAAVRNYITELFFWTLLVGMFCF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器