Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005296`

染色体: Chr02 坐标: 73931642-73942575 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005296`
名称	SmilChr02G005296
描述	protein THYLAKOID FORMATION1, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	73931642 - 73942575 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009280`
GeneID	`131009280`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009280`
原始查询	`SmilChr02G005296`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein THYLAKOID FORMATION1, chloroplastic-like
产物	protein THYLAKOID FORMATION1%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT2G20890` (PSB29) photosystem II reaction center PSB29 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816623] identity=66; qcov=1; evalue=3.34e-138; confidence=high
Rice	`Os07g0558500` (OsNYC4) - identity=68.5; qcov=0.997; evalue=6.1e-133; confidence=high
GO	GO:0009534 (chloroplast thylakoid); GO:0010027 (thylakoid membrane organization); GO:0010207 (photosystem II assembly); GO:0015979 (photosynthesis); GO:0045037 (protein import into chloroplast stroma); GO:0045038 (protein import into chloroplast thylakoid membrane)
KEGG	-
Pfam	PF11264 (ThylakoidFormat)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009280

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057792553.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057792553.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792553.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792553.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792553.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:73931868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr2:73931919`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr2:73931951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr2:73931958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr2:73931986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B28,C40,C85
`Chr2:73932003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr2:73932004`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,C60
`Chr2:73932018`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,D9
`Chr2:73932027`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr2:73932559`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr2:73932579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr2:73932582`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792553.1

304 aa

152

304

ThylakoidFormat

PF11264 ThylakoidFormat 80-285 aa

XP_057792554.1

304 aa

152

304

ThylakoidFormat

PF11264 ThylakoidFormat 80-285 aa

XP_057792555.1

293 aa

146

293

ThylakoidFormat

PF11264 ThylakoidFormat 69-274 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792553.1`	Pfam	`PF11264`	ThylakoidFormat	Family	80	285	2.4e-75	253.7	Thylakoid formation protein
`XP_057792554.1`	Pfam	`PF11264`	ThylakoidFormat	Family	80	285	2.4e-75	253.7	Thylakoid formation protein
`XP_057792555.1`	Pfam	`PF11264`	ThylakoidFormat	Family	69	274	2.2e-75	253.8	Thylakoid formation protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936572.1
ACACCACCACCACACAAAACATGAACCAGCTGGAGTGAGAAGGTCAGCCTCACACAACGATGGATCCACGTGTCGGAATCCAATTGGACGACCCCTGACACCCCAAATCTAAAAAAGGAAATCGGAAACGGAAAACCGTTTCCCCCCTTTCCCCATTCCTCGGCGAGAATCAACAATGGCGGCCGTGGCGTCGGTGTCGTTTGCTTCAATAGCTCAGTCAGCCCACCGCAAGTTCTCGCTTCCACCTTCTCACGGATGTC...

XM_057936571.1
AGAAGGTCAGCCTCACACAACGATGGATCCACGTGTCGGAATCCAATTGGACGACCCCTGACACCCCAAATCTAAAAAAGGAAATCGGAAACGGAAAACCGTTTCCCCCCTTTCCCCATTCCTCGGCGAGAATCAACAATGGCGGCCGTGGCGTCGGTGTCGTTTGCTTCAATAGCTCAGTCAGCCCACCGCAAGTTCTCGCTTCCACCTTCTCACGGATGTCTGGTGTCGAATTTCACCGCGCTCAAGCTCCGCTCGCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131009280
ATGGCGGCCGTGGCGTCGGTGTCGTTTGCTTCAATAGCTCAGTCAGCCCACCGCAAGTTCTCGCTTCCACCTTCTCACGGATGTCTGGTGTCGAATTTCACCGCGCTCAAGCTCCGCTCGCCCCGTGGTTCCTGCAACTTCCGGAGCCGGAGCGTGCGCACCGCCGTGGCGGTTAACTGCGCGTCCGCCGCCGCAGGCACGCGCCATTCTCACTCTCTAGGGTTTTCCGACCCTCCTACAGTCGCTGAGACAAAGTTGAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057792553.1
MAAVASVSFASIAQSAHRKFSLPPSHGCLVSNFTALKLRSPRGSCNFRSRSVRTAVAVNCASAAAGTRHSHSLGFSDPPTVAETKLNFLKAYKRPIPSIYNTVLQELIVQQHLTRYKKSYQYDPVFALGFVTVYDQLMEGYPSDEDREAIFKAYVEALNEDPVQYRADAQKVEEWARSQSATTLVDFASREGEVENVLKDISERAGSKGNFSYSRFFAVGLFRLLELSNATEPTILDKLCAALNIDKKSVDRDLDVYRNL...

XP_057792554.1
MAAVASVSFASIAQSAHRKFSLPPSHGCLVSNFTALKLRSPRGSCNFRSRSVRTAVAVNCASAAAGTRHSHSLGFSDPPTVAETKLNFLKAYKRPIPSIYNTVLQELIVQQHLTRYKKSYQYDPVFALGFVTVYDQLMEGYPSDEDREAIFKAYVEALNEDPVQYRADAQKVEEWARSQSATTLVDFASREGEVENVLKDISERAGSKGNFSYSRFFAVGLFRLLELSNATEPTILDKLCAALNIDKKSVDRDLDVYRNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器