Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005302`

染色体: Chr02 坐标: 73967425-73968899 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005302`
名称	SmilChr02G005302
描述	malonyl-coenzyme:anthocyanin 5-O-glucoside-6'''-O-malonyltransferase-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	73967425 - 73968899 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009981`
GeneID	`131009981`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009981`
原始查询	`SmilChr02G005302`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	malonyl-coenzyme:anthocyanin 5-O-glucoside-6'''-O-malonyltransferase-like
产物	malonyl-coenzyme:anthocyanin 5-O-glucoside-6'''-O-malonyltransferase-like
Arabidopsis	`AT3G29670` (PMAT2) HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822645] identity=32.5; qcov=1.05; evalue=7.47e-69; confidence=low
Rice	`Os02g0820400` - identity=33.3; qcov=1.02; evalue=1.21e-60; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02458 (Transferase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009981

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057793358.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057793358.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793358.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793358.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793358.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:73967562`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B107,B79
`Chr2:73967562`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B107,B79
`Chr2:73967591`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr2:73967597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr2:73967736`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr2:73967738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B4,B49,B60,C84
`Chr2:73967839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D10
`Chr2:73967873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B7
`Chr2:73967880`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B70,C80
`Chr2:73967883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B40,B65,C11,C69
`Chr2:73967888`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr2:73967890`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793358.1

450 aa

225

450

Transferase

PF02458 Transferase 3-440 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793358.1`	Pfam	`PF02458`	Transferase	Family	3	440	8e-39	134.2	Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937375.1
TAATAACTTATATTTAACCTTAATTTTAATAGTCACAGATTTAATATTTCTACTTAAAGGAGGGGGAGAAAATGACTACTATATAATAACACAGTGATCAATTCAAACCCCCAAAACCCGCCATGACGACCGTGCTCGAAACCTGCCGTATTCCGCCGGCGCCAGGCGGCGCCGCCGAGCTATCACTCCCGCTCACCTACCTCGACGTCACCTGGATCCATTTCCAACCCATCCGCCGCCTCCTCTTCTACGACCACCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009981
ATGACGACCGTGCTCGAAACCTGCCGTATTCCGCCGGCGCCAGGCGGCGCCGCCGAGCTATCACTCCCGCTCACCTACCTCGACGTCACCTGGATCCATTTCCAACCCATCCGCCGCCTCCTCTTCTACGACCACCCTTGCTCCAAACCCCAATTCTTATCCACCATTGTTCCCCACCTCAAACAATCTCTCTCCCTCACTCTCAAACACTACCTCCCCGTCGCCGGCAGCCTCCTCTACCCTTCCGACACCGCGGCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793358.1
MTTVLETCRIPPAPGGAAELSLPLTYLDVTWIHFQPIRRLLFYDHPCSKPQFLSTIVPHLKQSLSLTLKHYLPVAGSLLYPSDTAAQKPVIRYVAGDSVPLTIAVSTNDLDHLTGNHPRDADQFYDFVPPMPPASDGDGFAAVPVFALQATLFPGRGVCIGFANHHVLGDASSIVGFVKAWASITKLGGDAEFLAPVFDRGAVSDPHGWDMLNWEVMREIPFRPPVSANPVPTNRVRATFVLNRTDLERLKRSIKPGPVH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器