Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005321`

染色体: Chr02 坐标: 74096698-74134841 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005321`
名称	SmilChr02G005321
描述	transcription factor MYB13-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74096698 - 74134841 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009293`
GeneID	`131009293`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009293`
原始查询	`SmilChr02G005321`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor MYB13-like
产物	transcription factor MYB13-like
Arabidopsis	`AT1G06180` (MYB13) myb domain protein 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837127] identity=47.7; qcov=0.713; evalue=1.04e-46; confidence=medium
Rice	`Os10g0478300` (MYB110) - identity=61.6; qcov=0.506; evalue=1.78e-51; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009293

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792572.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792572.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792572.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792572.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792572.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74096865`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	91	A1,A10,A14,A15,A16,A18,A2,A22,A23,A5,A8,B1,B10,B102,B104,B107,B109,B112,B117,B118,B119,B12,B121,B126,B129,B132,B135,B139,B14,B140,B20,B21,B25,B29,B35,B36,B40,B42,B43,B44,B48,B49,B50,B52,B55,B58,B59,B66,B67,B7,B72,B73,B79,B8,B84,B85,B86,B89,B91,B98,C1,C10,C14,C16,C2,C23,C32,C35,C36,C43,C45,C48,C5,C52,C53,C54,C58,C6,C61,C63,C67,C68,C7,C72,C83,C84,C86,C87,D10,D2,D4
`Chr2:74096867`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	90	A1,A10,A14,A15,A16,A18,A2,A22,A23,A5,A8,B1,B10,B102,B104,B107,B109,B112,B117,B118,B119,B12,B121,B126,B129,B132,B135,B139,B14,B140,B20,B21,B25,B29,B35,B36,B40,B42,B43,B44,B48,B49,B50,B52,B55,B58,B59,B66,B67,B7,B72,B73,B79,B8,B84,B85,B86,B89,B91,B98,C1,C10,C14,C16,C2,C23,C32,C35,C36,C45,C48,C5,C52,C53,C54,C58,C6,C61,C63,C67,C68,C7,C72,C83,C84,C86,C87,D10,D2,D4
`Chr2:74096993`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B54,C43
`Chr2:74096993`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B54,C43
`Chr2:74096998`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	26	A1,A23,A4,B114,B127,B2,B23,B36,B4,B63,B64,B81,B89,B9,C20,C41,C44,C57,C71,C73,C74,C77,C81,C84,D7,D9
`Chr2:74097221`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:74097222`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B132
`Chr2:74097241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B23,C11,C24,C69,C70
`Chr2:74097277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B3
`Chr2:74097315`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B54,B82,C43
`Chr2:74097556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr2:74097587`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792572.1

247 aa

124

247

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

PF00249 Myb_DNA-binding 15-64 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 17-78 aa PF00249 Myb_DNA-binding 70-113 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 73-121 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792572.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	15	64	1.6e-32	112.1	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057792572.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	17	78	1.5e-20	73.9	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057792572.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	70	113	1.6e-32	112.1	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057792572.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	73	121	1.5e-20	73.9	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936589.1
CCTCTCAAAAAAAAAGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGTGAGGCCAGCTTCCATTGACAAAAATGGAATGAGAAGTGGAGCTTGGAGTGAAGAAGAAGACAACAAATTGAGGGCTTGTATTAATCAATTCAAGAACCACAAGGTCCCCAACTGGCGGTTGCTGCCGTCGGTCGCCGGGCTGAAGAGGTGCGGGAAGAGTTGCAGGCTGCGTTGGGTGAACTATTTGAAGCCTGGTCTCAAACGAGGCAACTTCACCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009293
ATGGTGAGGCCAGCTTCCATTGACAAAAATGGAATGAGAAGTGGAGCTTGGAGTGAAGAAGAAGACAACAAATTGAGGGCTTGTATTAATCAATTCAAGAACCACAAGGTCCCCAACTGGCGGTTGCTGCCGTCGGTCGCCGGGCTGAAGAGGTGCGGGAAGAGTTGCAGGCTGCGTTGGGTGAACTATTTGAAGCCTGGTCTCAAACGAGGCAACTTCACCAAAGATGAAGAAAATCTCATCATTCAACTACACAATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792572.1
MVRPASIDKNGMRSGAWSEEEDNKLRACINQFKNHKVPNWRLLPSVAGLKRCGKSCRLRWVNYLKPGLKRGNFTKDEENLIIQLHNQLGNKWSAIAAHFPGRTDNDIKNYWHAHVAKRRNGSMKIRNLAQEEQSSDSNSSTITTGLNQNTPAPSKVALFSQLGLENIGVFESNADSDFNPAAAADDDDDDLYQHKFFDEQEFDHEQVCSLLDWGDLSAAKSQLDFMSEPVDKDDFFNINFGDVLWGI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器