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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005322

染色体: Chr02 坐标: 74109057-74110040 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005322
名称SmilChr02G005322
描述uncharacterized SmilChr02G005322
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74109057 - 74110040 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009317
GeneID131009317
locus_tag-
NCBI NameLOC131009317
原始查询SmilChr02G005322

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF27773 (At5g23160)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009317

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057792599.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057792599.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057792599.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792599.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792599.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74109193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:74109264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:74109276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr2:74109418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,B72,B84,C84
Chr2:74109438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B7
Chr2:74109451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr2:74109519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B7
Chr2:74109580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B131,B34,C77
Chr2:74109606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,D4
Chr2:74109626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,C11,C6,C69
Chr2:74109704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C31,C47,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792599.1
160 aa
N
1
80
160
At5g23160
C
PF27773 At5g23160 122-155 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792599.1 Pfam PF27773 At5g23160 Domain 122 155 2e-07 30.9 At5g23160

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936616.1
AATGCACCACTTTGTTTTTTTCTCTTTGACCACTACTTCTTCTTCCTCCTCTCAATTTCTTGTTTTTAACTCTCCATTTTTCAATCTTTGATAAACATGAAATCCCCTGCAAATTTTTCATAAATGATGAAGAAAAGCTTCTTCTCTTGCTTCCACCCTTTGGAAACCCAAACAAATCAAATAAACAAAAGAAAAAGCTCAAAAAGGCCACTCTCTCATGTTCTTGAAATCCTCCTACTCAAGACCTCACTGAAAATAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009317
ATGATGAAGAAAAGCTTCTTCTCTTGCTTCCACCCTTTGGAAACCCAAACAAATCAAATAAACAAAAGAAAAAGCTCAAAAAGGCCACTCTCTCATGTTCTTGAAATCCTCCTACTCAAGACCTCACTGAAAATAAAGATCTCCGATCGAAACGTCCGCCAGCTGCTCCTCCAACCGAAGAGTGCGACGCAACGGAGAAGAGGAAGAGGAGTCGAGGAGGCTAAGGTTTCGATCAGAAGCCCCGGCTCTCGTCCCTCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792599.1
MMKKSFFSCFHPLETQTNQINKRKSSKRPLSHVLEILLLKTSLKIKISDRNVRQLLLQPKSATQRRRGRGVEEAKVSIRSPGSRPSLKNTRSSTVAPSSDHGGSRREFRPVTKSCSCKANPGLYLFVATLFFTVVWGRVRAVVFALMLLYLTPVWARFLR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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