当前解析结果
SmilChr02G005326| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005326 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005326 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G005326 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74118531 - 74121299 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009988 |
|---|---|
| GeneID | 131009988 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009988 |
| 原始查询 | SmilChr02G005326 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02902 (Peptidase_C48) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009988 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793366.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057793366.1 |
| 3 | Nuclear body | 核内小体 | 0.60000 | XP_057793366.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057793366.1 |
| 5 | PML body | PML body | 0.20000 | XP_057793366.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:74119531 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B1,C28 |
Chr2:74119560 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B37,C28,C47,C5,C63 |
Chr2:74119561 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr2:74119564 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr2:74119597 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A16,A19,A2,B117,C82 |
Chr2:74119615 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,C54 |
Chr2:74119618 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C23,C68,C72 |
Chr2:74119620 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr2:74119628 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,A3,B31,B77,C19 |
Chr2:74119639 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr2:74119681 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B22,C39 |
Chr2:74119690 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 14 | A16,A2,B1,B120,B15,B26,B48,B76,B82,B83,C39,C44,C70,C74 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793366.1PF02902
Peptidase_C48 668-806 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793366.1 |
Pfam | PF02902 |
Peptidase_C48 | Domain | 668 | 806 | 1.6e-05 | 25.6 | Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。