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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005326

染色体: Chr02 坐标: 74118531-74121299 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005326
名称SmilChr02G005326
描述uncharacterized SmilChr02G005326
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74118531 - 74121299 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009988
GeneID131009988
locus_tag-
NCBI NameLOC131009988
原始查询SmilChr02G005326

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02902 (Peptidase_C48)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009988

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793366.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057793366.1
3 Nuclear body 核内小体 0.60000 XP_057793366.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057793366.1
5 PML body PML body 0.20000 XP_057793366.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74119531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B1,C28
Chr2:74119560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,C28,C47,C5,C63
Chr2:74119561 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr2:74119564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr2:74119597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,A19,A2,B117,C82
Chr2:74119615 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,C54
Chr2:74119618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C23,C68,C72
Chr2:74119620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr2:74119628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A3,B31,B77,C19
Chr2:74119639 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr2:74119681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C39
Chr2:74119690 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 14 A16,A2,B1,B120,B15,B26,B48,B76,B82,B83,C39,C44,C70,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793366.1
819 aa
N
1
410
819
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 668-806 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793366.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 668 806 1.6e-05 25.6 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937383.1
ATGACCATACAGTCGCTCATCAAACGCATGTGCGATTTGGATCGTCGAGTGGATGATGAGGATGGGAGCCTGTACCTTCGTGCTGTCCTCGTGTGTGTGGCTCACACCCTTGTTCTTGGGTTGGATGCGCGGGTACAGCCGTGGCTTTGGGTTTTGGTGGATGATCTGGCTGCGTTTGATAGATTCCCCTGGGGCGCGTATTCGTATAAGATGTTATGCCATTATACGACAGATGTAGGAACCGGCGAGAAATATCACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009988
ATGACCATACAGTCGCTCATCAAACGCATGTGCGATTTGGATCGTCGAGTGGATGATGAGGATGGGAGCCTGTACCTTCGTGCTGTCCTCGTGTGTGTGGCTCACACCCTTGTTCTTGGGTTGGATGCGCGGGTACAGCCGTGGCTTTGGGTTTTGGTGGATGATCTGGCTGCGTTTGATAGATTCCCCTGGGGCGCGTATTCGTATAAGATGTTATGCCATTATACGACAGATGTAGGAACCGGCGAGAAATATCACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793366.1
MTIQSLIKRMCDLDRRVDDEDGSLYLRAVLVCVAHTLVLGLDARVQPWLWVLVDDLAAFDRFPWGAYSYKMLCHYTTDVGTGEKYHFYGPSWALYVWALERVPGFGHMVAASSGDPTAHPRCLRWTFRGKPKLHGLRDLFEGQGGVMPLEPDADDLSSHYFISALTPGELSVSFRPPDNPLARGVQFPQGTGARVVEERGDEEDVPRQPRTTRSHSVRGPVRDARQHEPARHSVDPGKRPVRDARPHEPARHSVDPGKRP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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