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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005328

染色体: Chr02 坐标: 74129528-74134876 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005328
名称SmilChr02G005328
描述T-complex protein 1 subunit zeta 1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74129528 - 74134876 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009214
GeneID131009214
locus_tag-
NCBI NameLOC131009214
原始查询SmilChr02G005328

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述T-complex protein 1 subunit zeta 1
产物T-complex protein 1 subunit zeta 1
ArabidopsisAT3G02530 (AT3G02530)
TCP-1/cpn60 chaperonin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821160]
identity=90.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0147400
-
identity=88.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005832 (chaperonin-containing T-complex); GO:0006457 (protein folding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0140662 (ATP-dependent protein folding chaperone)
KEGG-
PfamPF00118 (Cpn60_TCP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009214

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792452.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792452.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057792452.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057792452.1
5 Cell projection 细胞突起 0.20000 XP_057792452.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74129945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr2:74130117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,C48,D2
Chr2:74130155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:74131237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,B86,C22
Chr2:74131781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B1,B71,C57,C62
Chr2:74131791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr2:74131792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,B86,C22
Chr2:74131948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr2:74131975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B20,B98,C41,C53
Chr2:74131988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B47,C6
Chr2:74132980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792452.1
535 aa
N
1
268
535
Cpn60_TCP1
C
PF00118 Cpn60_TCP1 29-528 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792452.1 Pfam PF00118 Cpn60_TCP1 Family 29 528 6.4e-170 566.7 TCP-1/cpn60 chaperonin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936469.1
AGGTTAGGTGGATTTTAAACCCACCCCCAAATTTCCCTCTCTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTGCTACTTCGAACCTCCGATCTAGCTCTACATTTTGGTATCACTACAGTTTCTTCTCTCTGCTAGCTCCGTTTTATCGGCTTCGCAGACGAGGCGCAGAGTGAAACGATGTCGTTGAAGGTGTTGAATCCGAACGCTGAGGTGGTGAACAAGTCTCATGCGCTTCACATGAACATCAATGCCGCGAAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009214
ATGTCGTTGAAGGTGTTGAATCCGAACGCTGAGGTGGTGAACAAGTCTCATGCGCTTCACATGAACATCAATGCCGCGAAAGGACTCCAGGATGTGCTCAAAAGTAATCTCGGACCTAAAGGAACTATTAAAATGCTTGTTGGTGGAGCTGGCGATATTAAGCTCACTAAGGATGGAAACACTCTGCTGAAGGAGATGCAAATACAAAGTCCTACAGCCATAATGATTGCTCGGACTGCTGTTGCTCAAGATGAAACCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792452.1
MSLKVLNPNAEVVNKSHALHMNINAAKGLQDVLKSNLGPKGTIKMLVGGAGDIKLTKDGNTLLKEMQIQSPTAIMIARTAVAQDETSGDGTTSTVIFIGELMKQSERYIDEGMHPRVLVDGFEIAKRATLQFLEKFKTPVVMGNEPDKEILKMVARTALRTKLYESLADQLTEIVVNSVLCIRKPEEPIDLFMVEIMHMRHKFDVDTRLIEGLVLDHGSRHPDMKRQAENCYILTCNVSLEYEKSEVNAGFFYSSAEQRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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