Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005333`

染色体: Chr02 坐标: 74157480-74162524 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005333`
名称	SmilChr02G005333
描述	uncharacterized SmilChr02G005333
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74157480 - 74162524 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009223`
GeneID	`131009223`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009223`
原始查询	`SmilChr02G005333`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0343300; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os08g0343300; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G03280` (AT1G03280) Transcription factor TFIIE, alpha subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838581] identity=60.8; qcov=0.898; evalue=1.29e-176; confidence=high
Rice	`Os08g0343300` - identity=64.8; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0001113 (transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter); GO:0005673 (transcription factor TFIIE complex); GO:0006367 (transcription initiation at RNA polymerase II promoter)
KEGG	smil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02002 (TFIIE_alpha)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009223

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792470.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792470.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792470.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792470.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792470.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74159266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B21,B98,C15,C49
`Chr2:74159495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr2:74160939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:74161706`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr2:74161729`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B20,B21,B98,C49
`Chr2:74161949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B20,B21,B98,C49
`Chr2:74162056`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B55,B80,C87
`Chr2:74162070`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,B94,C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792470.1

471 aa

236

471

TFIIE_alpha

PF02002 TFIIE_alpha 41-98 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792470.1`	Pfam	`PF02002`	TFIIE_alpha	Domain	41	98	3e-11	43.8	TFIIE alpha subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936487.1
CATGTTGACTTGGCTCCGACATTGAAGAAATTAAACCCTTTTCTCGTGCCCTAATCCCCAATCACAAACACTGCTACTTTTCTCCACTTCACTAATTCCATAATTCCTTCTTCAATTTCTCTCCAACTTTCCCCTTTTCTACTCCTCCAAATCCCTAACTCTATCTGCTAACTCTTCCAAAGAGCACTTCATGATTCTGCGCTAGCTTTGGCGAGAGCAAAATGCAAGTAAGTTGACGGTTCTTCACTCAGTTGGAATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009223
ATGGGTAGCATCGATCCATTCAACCGCTTGGTGAAACTTGCGGCGAGGGCTTTTTATGATGACATAACTACGAAAGGCGAGAACCAGCCGAAGACGGGGAGAAGCGACAACAGAGGGATTGCCGTTGTAGTTCTTGATGCTCTCACGAGGCGTCAGTGGGTAAGGGAAGAAGATTTGGCTAAGGACTTGAAGCTTCATACCAAGCAACTTCGTCGAACTCTCAGGTTCTTTGAGGAAGAAAAGCTAGTAACTCGAGATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792470.1
MGSIDPFNRLVKLAARAFYDDITTKGENQPKTGRSDNRGIAVVVLDALTRRQWVREEDLAKDLKLHTKQLRRTLRFFEEEKLVTRDHRKETAKGAKVYNAAVAATGDSQQTGREGDDKQKMHTHSYCCLDYAQIYDVVRYRLHRMKKKLKDELESKNTVQEYICPNCGKRYTALDALQLISPYDEYFHCESCNGVLVAESDKLAVQDLGDGDDNARKRRHEKIKDMLSKMEVQLKPLIDQLARVKDLPVPEFGNLQAWEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器